Опорой протестантского движения стали магистраты многих германских городов. Идеалы лютеранской Реформации разделяла часть немецкого рыцарства, участвовавшая в неудачном восстании против князей в 1522–1523 гг. под руководством Ф. Зиккингена. Важную роль в развертывании реформаторского движения сыграла и Крестьянская война 1524–1525 гг., духовный лидер которой Томас Мюнцер (1490–1525) выдвинул идеи всеобщего духовного переворота во имя праведной веры и свержения власти «безбожных тиранов». Нарастание политического экстремизма в немецкой Реформации было остановлено решением Шпейерского рейхстага 1526 г., когда имперские государи получили возможность до церковного собора действовать в религиозных вопросах по своему разумению, «как если бы они были ответственны только перед Богом и его императорским величеством».
Препятствием для окончательной консолидации евангелической, т. е. протестантской церкви в Германии стала острая дискуссия Лютера с лидером швейцарской Реформации Ульрихом Цвингли (1484–1531). Свои основные идеи Цвингли высказал в «67 тезисах» (1523) и работах «О божественной и человеческой справедливости» (1523), «Об истинной и ложной вере» (1525), «Изложение христианской веры» (1531). Подобно Лютеру, Цвингли доказывал принципы «оправдания верой» и «всеобщего священства», отрицал авторитет Священного предания и католического клира. Однако расхождение в трактовках некоторых догматов, в том числе таинства причастия, привели к их острой дискуссии. Так, например, Лютер сохранял представление о реальном присутствии Тела и Крови Христа в момент таинства, а Цвингли понимал причастие лишь как символ искупительной жертвы Христа.
Цвинглианство в еще большей степени, чем лютеранство, объединяло религиозно-догматические идеалы с нормами социальной этики. Соглашаясь с необходимостью формирования евангельской церкви, Цвингли боролся за утверждение евангельских принципов во всех сферах общественной жизни. Для него вера была не только духовным актом каждого отдельного человека, но и высшим законом общественной жизни. Главнейшей задачей государства и церкви он считал обеспечение совместной жизни стремящихся к этому идеалу христиан. Не отрицая частную собственность или военную службу, Цвингли доказывал, что они связаны лишь с природной сущностью человека. К совершенному состоянию человек приближается не отказываясь, но преодолевая эти склонности, идя по пути братской любви, терпимости, благотворительности. В государстве Цвингли не видел силы, способной реализовать подобный идеал. Показательно, что в отличие от Лютера, он являлся сторонником республики как самоуправления христианского народа. Решающую роль в развитии цвинглианской Реформации сыграли религиозные общины. Их внутренняя жизнь строго регламентировалась, нередко в соответствии с суровыми ветхозаветными предписаниями. Пастыри наделялись большими полномочиями, хотя избирались самими верующими.
После гибели Цвингли в битве при Каппеле во время войны протестантских и католических кантонов, лютеранство стало быстро распространяться в городских общинах Верхней Германии. Важный шаг в формировании общегерманской евангелической церкви сделал соратник Лютера Филипп Меланхтон (1497–1560). В 1530 г. он представил имперскому рейхстагу текст «Аугсбургского исповедания» с изложением основных идей лютеранской доктрины, а спустя год – его «Апологию». Образование в 1531 г. Шмалькальденского союза, объединившего протестантские коммуны и княжества, привело к окончательному укреплению позиций лютеранства в вестфальских и ганзейских городах, в Пруссии и Северо-Восточной Германии. В 30-х гг. протестантам удалось добиться заключения религиозного мира внутри Священной Римской империи, а также остановить распространение анабаптизма – эгалитарного реформационного учения, отрицающего церковное устройство. Религиозный мир между немецкими католиками и протестантами был закреплен в 1555 г. решениями Аугсбургского рейхстага, установившим право суверенов определять конфессию своих земель («чья власть, того и вера»).
В 30–40-х гг. XVI в. королевская Реформация победила в Дании (включая Норвегию и Исландию) и Швеции (включая Финляндию). Духовными лидерами скандинавских протестантов были Г. Таусен, И. Бугенхаген, М. Агрикола, признававшие безусловный авторитет Лютера. Возникшие здесь евангелические церкви были национальными, но основывались на общей догматике. В 1577 г. все основные варианты лютеранских исповеданий, в том числе трактаты Лютера и Меланхтона, были собраны в единый комплекс. Он получил название «Формулы согласия» и был опубликован в 1580 г. под названием «Книга согласия». Последним отголоском религиозного раскола Центральной и Северной Европы стало образование Протестантской Унии в 1608 г. и Католической лиги в 1609 г. Вошедшие в их состав государства приняли активное участие в Тридцатилетней войне (1618–1648).