Консолидировавшаяся оппозиция буржуазии и дворянства выступила на этот раз еще более организованно. Ее лидерами были сквайры Элиот и Вентворт. Оба подвергались ранее судебному преследованию за отказ уплачивать принудительные королевские займы и имели в среде пуритан ореол мучеников. Вентворт, сторонник сильной королевской власти, считал задачей оппозиции лишь защиту народа от деспотического произвола. Элиот, напротив, призывал к усилению полномочий парламента и настоял на подаче королю «Петиции о правах». Составители ее ссылались на основные положения Великой хартии и выводили из нее ряд требований: взимание средств на государственные расходы только с согласия парламента; запрет постоя королевских солдат без согласия домовладельцев и отказ короля от взимания налогов с помощью силы; запрет произвольных арестов и заключений в тюрьму без суда. Карл I после долгих препирательств согласился признать «Петицию о правах».
Во время перерыва между сессиями парламента офицером Фелтоном был убит герцог Бекингем, и на сторону короля перешел один из самых активных лидеров оппозиции – Томас Вентворт, ставший ближайшим советником короля. На открывшейся осенью второй сессии парламента резкой критике подверглась церковная политика короля. Чтобы получить гарантии того, что политика Карла I будет изменена, палата общин отказалась утвердить таможенные пошлины. Когда же разгневанный король приказал прервать сессию, палата впервые проявила открытое неповиновение воле Карла I. 2 марта 1629 г., насильно удерживая спикера в кресле, поскольку без него палата не могла заседать и ее решения считались недействительными, члены палаты приняли три постановления: 1) всякий, кто стремится привносить папистские новшества в англиканскую церковь, должен рассматриваться как главный враг королевства; 2) всякий, кто советует королю взимать пошлины без согласия парламента, должен рассматриваться как враг этой страны; 3) всякий, кто добровольно платит неутвержденные парламентом налоги, является предателем свобод Англии. Король приказал заключить под стражу девятерых лидеров оппозиции, в том числе главного вдохновителя «мятежа» Элиота, который заболел от плохих условий содержания и умер в заключении. Карл I заявил, что намерен управлять без парламента, «врученными ему Богом средствами».
После смерти Бекингема своими главными советниками король сделал архиепископа Кентерберийского В. Лода и Т. Вентворта, назначенного в 1632 г. наместником Ирландии, где он, опираясь на сформированные им воинские отряды, проводил политику беспощадной колонизации и репрессиями на время сбил накал освободительной борьбы. На протяжении 11 лет они являлись вдохновителями феодально-абсолютистской реакции. Чтобы иметь свободные руки для усмирения внутренних врагов, Карл I поспешил заключить мир с Францией и Испанией.
Новые советники короля были людьми умными, деятельными и беспощадными, примером в своих действиях они избрали политику могущественного французского министра кардинала Ришелье, решившись беспощадно бороться с оппозицией. Недостаток в деньгах они пытались восполнить принудительными поборами, используя военную силу. В стране воцарился режим террора. Строжайшая цензура на печатное и даже устное слово призвана была принудить к молчанию пуританскую оппозицию, которая «сеяла мятеж». С удвоенной силой заработали чрезвычайные суды по политическим и церковным делам – Звездная палата и Высокая комиссия. Чтение запрещенных пуританских книг и непосещение приходской церкви, недоброжелательный отзыв о епископе и намек на легкомыслие королевы, отказ платить неутвержденные парламентом налоги, а также выступления против принудительного королевского займа являлись достаточным поводом для немедленного привлечения к безжалостному суду.
Пуританская оппозиция была вынуждена уйти в подполье. Много тысяч пуритан, опасаясь преследований, оказались за океаном. Начался «великий исход» из Англии. Между 1630 и 1640 гг. в эмиграцию выехали 65 тыс. человек. Из них 20 тыс. попали в Америку, в колонии Новой Англии.