Поначалу гражданская война велась весьма вяло, так как во главе обеих армий было немало сторонников примирения. Перевес в материальных ресурсах оказался на стороне парламента. Его армия во главе с графом Эссексом насчитывала 25 тыс. человек, в основном – отряды местных милиций и наемников. Карл I, отчаянно нуждавшийся в деньгах, располагал всего 12 тыс. солдат и офицеров, но зато более опытными и дисциплинированными. Это обстоятельство способствовало первоначальным успехам королевской армии, которой командовал принц Руперт Пфальцский, племянник короля. Направленные королевой подкрепления и большое количество оружия, снаряжения и боеприпасов способствовали взятию Бристоля, второго по величине города страны. Конница принца Руперта достигла окрестностей Лондона. Ставка короля была перенесена в Оксфорд, откуда было менее 50 миль до Лондона.
Положение дел изменилось в пользу парламента после того, как Пим заключил союз с шотландскими пресвитерианами, пославшими в январе 1644 г. более 20 тыс. солдат в Англию. Стремясь к упрочению этого союза парламент уничтожил англиканский епископат и ввел в Англии церковное устройство по образцу шотландского ковенанта. Еще более важным обстоятельством стало массовое вступление в парламентскую армию представителей различных пуританских сект – индепендентов (независимых), выступавших против централизованного церковного устройства и фанатично поддерживавших идеи Реформации. В их среде вскоре выделился Оливер Кромвель (1599–1658), небогатый помещик, родственник Гемпдена и, по некоторым данным, потомок Т. Кромвеля, всесильного канцлера Генриха VIII.
Оливер Кромвель, убежденный индепендент, проявил качества выдающегося организатора и военачальника. Чрезвычайная набожность и приверженность пуританским догмам уживалась в нем с бескрайним честолюбием, прирожденное благородство и прямота – с проявлениями коварства и способностью к политическому интриганству. Он возглавлял первоначально кавалерийский полк из пуритан своей округи, получивших из-за своих кирас и за доблесть в боях прозвище «железнобоких». Кромвель сам водил их в атаку с пением псалмов, с молитвенником в одной руке и мечом в другой. В каждой его роте имелись пуританские проповедники, поднимавшие моральный и боевой дух солдат. 2 июля 1644 г. в битве при Марстон-Муре, в окрестностях Йорка, роялисты потерпели первое крупное поражение от парламентской англо-шотландской армии под командованием графа Манчестера. Это спасло парламент от близившегося поражения и позволило перейти к более активным действиям, как того требовали индепенденты, которые находились в меньшинстве в парламенте и армии, но пользовались все возраставшим влиянием.
Разногласия между пресвитерианами и индепендентами давали роялистам шанс на исправление положения. К тому же в Шотландии в поддержку Карла I выступил маркиз Монтроз, лидер горных шотландцев. Против парламента был готов выступить и командующий расположенными в Ирландии войсками граф Ормонд. Но король не воспользовался этой возможностью. Битва при Незби, произошедшая 14 июня 1645 г., завершила перелом войск в гражданской войне. Армия парламента (около 14 тыс. человек) под командованием Т. Ферфакса разгромила войска Карла I (8 тыс. человек). Кавалерией правого фланга «круглоголовых» командовал О. Кромвель, под руководством которого с начала года проводилась реорганизация вооруженных сил парламента. Формировавшаяся на принципах добровольности «армия новой модели» стала прообразом регулярной английской армии. С этого времени традиционными для английских солдат становятся красные мундиры. Чтобы вытеснить графа Эссекса и других пресвитерианских генералов из армии, О. Кромвель добился принятия парламентом «билля о самоотречении», по которому членам парламента запрещалось занимать военные или гражданские должности. Для самого Кромвеля временно было сделано исключение. Тогда же главнокомандующим был назначен Т. Ферфакс, который, несмотря на свою молодость (ему было всего 33 года), показал себя опытным военачальником. Кромвель получил пост начальника кавалерии и заместителя командующего.