После поражения под Незби положение короля ухудшалось с каждым днем. Принц Руперт сдал Бристоль. Замки и крепости одна за другой переходили к парламентской армии. В мае 1646 г. Карл I тайно покинул Оксфорд и с небольшой свитой отправился в Шотландию. Как оказалось, это было очередным просчетом. Монтроз, потерпевший к этому времени поражение и бежавший в Норвегию, не мог оказать поддержки королю. Карл I оказался в положении пленника Эдинбургского правительства. Шотландские пресвитериане, не добившиеся от него гарантированных уступок, решили выдать короля англичанам за 400 тыс. фунтов (впрочем, формально деньги были выплачены за услуги шотландской армии). Используя удобный момент парламент попытался распустить армию, более чем на половину состоявшую из индепендентов. Армия быстро превращалась во влиятельную политическую силу, в том числе требовала ввода обещанной веротерпимости. Позиции же пресвитерианской партии оказались к этому времени ослаблены из-за смерти графа Эссекса, уволенного со службы, но сохранявшего свое влияние и популярность в армии. Войска взбунтовались и, захватив короля, двинулись на Лондон. Кромвель, бывший вдохновителем мятежа, от лица армии потребовал удаления 11 членов парламента. Недовольство в Лондоне было усмирено войсками Т. Ферфакса, который формально оставался главнокомандующим до 1650 г.
В создавшейся сумятице король бежал и попытался укрыться на острове Уайт, где опять оказался под контролем армии, но завел переговоры о восстановлении своей власти. Он пытался наладить отношения и с шотландцами, забеспокоившимися из-за перспектив усиления индепендентской партии в Англии, и с пресвитерианским парламентом и даже с Кромвелем, который получил предложение стать главнокомандующим, обещание ордена Подвязки и титула графа Эссекса. Но, узнав из перехваченного письма о двойной игре короля, Кромвель отбросил все сомнения и потребовал от парламента закона, запрещавшего всякие переговоры с королем. Кромвель произнес в парламенте, по своему обыкновению держась за рукоять шпаги: «Король человек умный и весьма даровитый, но он так лжив и коварен, что ему нельзя доверять». В то время как Карл I не мог решиться, с кем заключить соглашение: с шотландцами, предлагавшими теперь более умеренные условия, или с английским парламентом, боявшимся индепендентов больше, чем роялистов, Кромвель действовал решительно, быстро и успешно.
Вторая гражданская война оказалась быстротечной. Армия Кромвеля подавила восстание роялистов в Уэльсе, Кенте, Эссексе и других местностях, разбила вдвое превосходящую ее по численности шотландскую армию. Карл I вновь был захвачен в плен. Узнав о тайных переговорах парламента с королем, рассвирепевшие индепенденты двинулись на Лондон. По приказу Кромвеля 6 декабря 1648 г. полковник Т. Прайд ворвался во главе своих солдат в зал заседаний палаты общин и арестовал 47 членов из пресвитерианской партии, 96 просто прогнали. «Очищенный» таким образом парламент, получивший название «охвостья» (Rump Parliament), начал судебный процесс над королем, который был приговорен к смерти как «тиран, предатель, убийца и враг общественного строя» и казнен 30 января 1649 г.
После казни Карла I власть в Англии перешла к армии. Парламент отменил королевские прерогативы, провозгласил республику (commonwealth), упразднил верхнюю палату как учреждение «ненужное и вредное» и назначил для управления страной Государственный совет из 40 человек под председательством юриста Дж. Бредшоу, ведшего процесс короля. Членами Государственного совета были О. Кромвель, знаменитый индепендентский публицист и выдающийся поэт Дж. Мильтон, адмирал Р. Блейк. И др. После «прайдовой чистки» заседания парламента посещали не более 50–60 человек, из которых 31 одновременно были и членами Государственного совета. Таким образом осуществлялась лишь видимость разделения властей. На деле при решении всех вопросов главную роль играл контролировавший армию Кромвель, а индепендентская республика оказалась военной диктатурой.