Укрепляя свою диктатуру, О. Кромвель прежде всего решительно избавился от растущего влияния в армии левеллеров (уравнителей), представителей радикального демократического направления, которое до 1647 г. примыкало к индепендентам и получило свое название за требование уравнения в политических правах всех граждан, независимо от размера собственности, отмены некоторых налогов и «тирании властей». Левеллеры были выразителями недовольства народных низов социально-политическими результатами революции. Один из лидеров левеллеров, знаменитый публицист Джон Лильберн назвал власть индепендентов «новыми цепями Англии». Весной 1649 г. индепендентам при помощи верных войск пришлось подавлять открытые мятежи в полках, начавшиеся под воздействием левеллеровской агитации. После их разгрома в течение почти целого года центральные графства лихорадило движение так называемых диггеров (копателей), или «истинных левеллеров», выразителей чаяний огромной массы обезземеленных бедняков и держателей копигольда. Одним из их лидеров был разорившийся мелкий арендатор Джерард Уинстэнли, обосновавший в многочисленных памфлетах крестьянско-плебейскую программу революции, отрицавшую институт частной собственности на землю. Хотя действия диггеров носили мирный характер, и они пытались обрабатывать под пашню лишь неиспользовавшиеся пустоши, крупные землевладельцы увидели в плебейском движении серьезную угрозу своим правам. Диггеры подвергались всяческим преследованиям и репрессиям.
После восстановления порядка в армии О. Кромвель, получив от парламента чин лорда-наместника, отправился в Ирландию для подавления восстания роялистов. Инициаторы восстания призвали на свою сторону Карла II, старшего сына казненного короля, но уже вскоре мятеж перерос в открытое избиение англичан. Кромвель подавил его с особенной жестокостью. Огромное количество людей было отправлено в Америку на каторгу, население острова сократилось почти на треть. Из Ирландии Кромвель поспешил на усмирение шотландцев, которые провозгласили Карла II королем в июне 1650 г. Разбив шотландскую армию, Кромвель занял Эдинбург, а год спустя, 3 сентября 1651 г., разгромил в битве при Ворчестере армию самого Карла II, который едва спасся бегством во Францию. Шотландия была присоединена к республике как завоеванная страна, лишена своего представительного собрания и принуждена посылать депутатов в английский парламент. Такой же статус получила и Ирландия.
Несмотря на успехи армии Кромвеля, внешнеполитическое положение республики оставалось очень сложным. Чрезвычайно обострились отношения с генеральными штатами Нидерландов. В Гааге английский посол был убит кавалерами-эмигрантами, которые во множестве находили там прибежище и поддержку. Разгневанный парламент издал 9 октября 1651 г. Навигационный акт, который запрещал привозить в Англию товары иначе, чем на ее собственных судах или судах ее колоний. Этот акт угрожал торговому могуществу Республики Соединенных провинций. Голландцы отправили военный флот под предводительством своих знаменитых адмиралов Тромпа и Рюйтера в Ла-Манш, и в мае 1652 г. между обеими республиками началась война. Обновленный за годы революции английский флот под командованием адмирала Блейка, одержал блестящую победу при Лагосе в феврале 1653 г.
Воспользовавшись благоприятной ситуацией, Кромвель решился на разгон «охвостья» Долгого парламента, который мешал всевластию армейского командования. 20 апреля 1653 г. он явился с солдатами в зал заседаний и разогнал депутатов «во славу Божию». Вслед за этим был распущен Государственный совет, и созван новый состав парламента – из надежных индепендентов, так называемых «святых». От него Кромвель принял титул лорда-протектора страны с неограниченными полномочиями, поистине королевской властью. Новой конституцией страны стал документ, озаглавленный «Орудие управления» («Instrument of Government»).