Тем временем внутри анти-французской коалиции нарастали противоречия. Пруссия приняла участие в новых разделах Польши (1793, 1795) и всецело сосредоточилась на своих восточных интересах. Война с революционной Францией завершилась для Пруссии подписанием сепаратного Базельского мира (1795), по которому немецкие земли по левому берегу Рейна остались за Францией. С этого момента началось разрушение Священной Римской империи германской нации. В 1797 г. в Раштатте прошли переговоры по поводу вознаграждений немецких князей за эту уступку. Жертвами алчности немецких государей стали духовные князья, мелкие светские правители и имперские города. После подписания Базельского мира Пруссия в течение 11 лет не присоединялась к анти-французским коалициям.
После разгрома Второй анти-французской коалиции был подписан Люневильский мир, подтвердивший переход левого берега Рейна к Франции. Вскоре в Германии началась ликвидация независимости многих духовных и светских княжеств, имперских городов. Этот процесс получил название медиатизации (1803–1804). В ходе его было уничтожено около 200 мелких немецких государств, территории которых передавались Пруссии, Австрии, Бадену, Вюртембергу, Баварии. Сохранились всего 3 духовных княжества и 6 имперских городов: Аугсбург, Нюрнберг, Франкфурт на Майне, Гамбург, Бремен, Любек. В рамках процесса медиатизации в лице крупных немецких государств Наполеон создал силу, которая могла бы служить противовесом Австрии и Пруссии. Его надежными союзниками стали Баден, Бавария, Вюртемберг.
После разгрома русско-австрийских войск при Аустерлице Наполеон создал группировку лояльных немецких государств – Рейнский союз. Первоначально этих государств было шестнадцать, затем присоединилось еще пять, позже еще двадцать. Номинальным главой союза (князем-примасом) был объявлен архиепископ Регенсбурга Дальберг. Фактически Рейнский союз являлся конфедерацией под протекторатом Наполеона. Наиболее крупными государствами Рейнского союза стали Бавария, Вюртемберг, Баден, Саксония, Вестфальское королевство (два последних государства присоединились к союзу немного позже). На территории Рейнского союза действовал Гражданский кодекс Наполеона, государства входившие в него, обязаны были поставлять солдат в армию Наполеона. В большей части государств союза и особенно в тех, которые Наполеон создавал для своей родни (Великое герцогство Бергское (1805), Вестфальское королевство (1806)), произошло освобождение крестьян от крепостной зависимости.
После создания Рейнского союза 6 августа 1806 г. прекратила свое существование Священная Римская империя германской нации. Австрийские Габсбурги, ожидая упразднения Империи, сохранили для себя имперский титул. В 1804 г. император Священной Римской империи германской нации Франц II был провозглашен австрийским императором Францем I, от титула германского императора он официально отказался в 1806 г.
Пруссия была очень раздражена созданием Рейнского союза: юнкерство опасалось за свои привилегии, прусское правительство выражало недовольство протекционистской политикой Франции, наносившей ущерб прусской промышленности и торговле, а также усилением французских позиций в немецких землях. Осенью 1806 г. Пруссия вступила в войну. Но кампания оказалась короткой и бесславной. 14 октября 1806 г. Пруссия потерпела катастрофическое поражение под Йеной и Ауэршдедтом, а через две недели французская армия заняла Берлин. Военно-административная система Фридриха Великого оказалась нежизнеспособной. Условия Тильзитского мира (1807) поставили страну на грань национальной катастрофы: было потеряно 46 % населения страны и 49 % территории, Пруссию обязали выплатить контрибуцию (140 млн франков), численность ее армии ограничивалась 42 тыс. человек.
Короля Пруссии Фридриха Вильгельма III (1797–1840) было нелегко убедить в необходимости возобновления реформ. Но он осознал, что только самые решительные преобразования смогут помочь ему выйти из состояния наполеоновского слуги, сидящего на престоле благодаря милости всесильного императора. Эти перемены в немецкой историографии рассматривают как вариант «оборонительной модернизации» и их часто называют «реформами бюрократического либерализма». Реформаторами были прусские правительственные чиновники, поскольку образованного и развитого третьего сословия в стране не существовало. Все активные силы общества находили себе убежище в рядах администрации. Самыми заметными фигурами среди чиновников-реформаторов являлись Карл фон Штейн (1757–1831), который в 1807 г. стал канцлером, и Карл Август фон Гарденберг (1750–1822), сменившей его на этом посту в 1808 г. после вынужденной отставки.