Опустошительные войны, усиление политической раздробленности, установление иностранного господства самым негативным образом отразились на социально-экономическом развитии итальянского общества. На короткое время установление долгожданного мира создало благоприятную конъюнктуру, но уже с конца XVI в. Италия начала втягиваться в длительную стагнацию практически всех отраслей экономики.
Подъем сельского хозяйства Италии в середине XVI в. был связан преимущественно с экстенсивными факторами. После окончания Итальянских войн быстро увеличивались размеры пахотных земель, усилился приток рабочей силы. Стабилизация внутреннего рынка сбыта способствовала расширению посевного земледелия, стойлового содержания скота, разведения тутовых деревьев. Для решения продовольственной проблемы большое значение имело массовое распространение посевов кукурузы. Однако подъем оказался очень кратким. Уже в первой половине XVII в. многие освоенные земли пришли в запустение. Начался заметный отток сельского населения в города. В течение XVII в. доля горожан в общей массе жителей страны увеличилась с 11 до 16 %, а в густонаселенных северных районах превысила 20 % (при этом пополнялась в основном масса городской бедноты). Южные области полуострова окончательно оказались в роли сельскохозяйственной периферии. Не без влияния Испании здесь происходило возрождение феодальных форм землевладения и землепользования. Преобладающая форма аренды – испольщина – дополнялась разнообразными феодальными платежами и обязанностями в пользу землевладельцев (баналитетные платы, подношения натурой к праздникам, мелиоративные, дорожные, строительные работы и т. д.). В целом, уровень эксплуатации крестьян-арендаторов был чрезвычайно высок. Поскольку в испольную аренду обычно предоставлялся целый хозяйственный комплекс (подере), включавший посевные и пастбищные площади, виноградники и огороды, то издержки его содержания были чрезвычайно велики, а возможность развития товарного монокультурного хозяйства – минимальны. Нередко арендаторы оказывались не в состоянии соблюдать условия договора и попадали в длительную долговую зависимость. В таких случаях они фактически становились прикрепленными к земельным участкам. К тому же в XVII в. огромные земельные площади, принадлежавшие ранее богатым городским коммунам, начали передаваться крупным латифундистам в качестве феодов. Сеньоры использовали все возможные судебные и административные методы для узаконения феодальных повинностей крестьян, в том числе связанных с личной зависимостью. Раннекапиталистические методы хозяйствования, в том числе капиталистическая аренда, в аграрной сфере закреплялись очень медленно.
Схожая динамика была присуща развитию торгово-финансовой и промышленной деятельности. В середине XVI в. наступил период оживления торговых связей. Начало гражданских войн во Франции, нарастание центробежных тенденций в Священной Римской империи, расширение доступа к атлантическим коммуникациям (через Испанию) на некоторое время укрепили роль Италии в международной торговле. В этих благоприятных условиях особенно интенсивно развивалось сукноделие в Венеции и Флоренции, росло шелковое производство в Генуе, Милане, Павии, Мантуе, Болонье. Неаполитанское королевство стало основным поставщиком шелка-сырца. Венеция, Генуя, Флоренция оставались крупнейшими центрами финансовых операций и международной торговли. Венеция сохраняла в XVI в. монополию на вывоз пряностей из стран Ближнего Востока. Генуя играла все большую роль в межрегиональной торговле с Испанией и Португалией, а также Англией и Голландией. Генуэзские банкиры на протяжении нескольких десятилетий даже сохраняли лидирующие позиции на европейском финансовом рынке.
С конца XVI в. торгово-финансовый и промышленный подъем в Италии сменился нарастающим спадом. Исчезла благоприятная конъюнктура на мировом рынке. Итальянская текстильная промышленность проиграла конкурентную борьбу более дешевыми английскими и голландскими сукнами. Переход Франции к политике протекционизма фактически закрыл для итальянцев и этот рынок. Тяжелые последствия, особенно для Южной Италии, имел финансовый и политический кризис Испании, начавшийся на рубеже XVI–XVII вв. В сочетании с ростом влияния турок в Восточном Средиземноморье все это значительно сократило возможности участия итальянских городов в межрегиональной торговле. К тому же венецианский и генуэзский торговый флот уже заметно уступал более современным голландским и английским судам.