Но с самыми большими проблемами новое государство столкнулось на Юге. Там процветало враждебное отношение к Пьемонту из-за навязанного жесткого управления, введения воинской повинности и тяжелых налогов. Ответом на это стал стремительный рост бандитизма на территории бывшего Неаполитанского королевства как проявление специфического сопротивления крестьян новым властям. Руководителями оппозиции Пьемонту были связанные с Бурбонами латифундисты и представители церкви. Правительственные войска вели войну на Юге вплоть до 1865 г., численность армии составляла около 120 тыс. человек, а потери были больше, чем за все годы объединения Италии. Регулярные войска сжигали целые села и превращали целые округа в развалины, расстреливали всех крестьян, захваченных с оружием. Пьемонтское правительство настолько не сумело заручиться поддержкой Юга, что там начала возрождаться партия мюратистов, активно действовали такие организации как сицилийская мафия и Неаполитанская каморра. К 1883 г. последняя была повержена, но возродилась в начале XX в., а мафия разгромлена так и не была.
Вскоре после образования Итальянского королевства 6 июня 1861 г. умер К.Б. Кавур. Лучшей чертой этого государственного деятеля было стремление к соблюдению конституционных норм. Виктор Эммануил II, лишенный советов Кавура, был готов поддержать авантюрные планы военных экспедиций на Балканах и сложные комбинации против Австрии во имя завершения объединения Италии. Но в 1866 г. Италия заключила военно-политический союз с Пруссией против Австрии. Еще Кавур видел в Пруссии естественную союзницу. В 1866 г. началась австро-прусская война, дополненная «третьей Войной за независимость». Италией война велась очень плохо, хотя ее войска по своей численности превосходили австрийские. В битве при Кустоцце 24 июня 1866 г. итальянцы были разбиты. Лучше, чем регулярные войска действовали добровольцы под командованием Гарибальди, единственного итальянского генерала, одаренного выдающимся военным талантом. 22 июля Пруссия без предварительных договоренностей с Италией заключила перемирие с Австрией, что вынудило Итальянское королевство заключить мир. Венецианская область была передана Наполеону III, который в качестве посредника уступил ее Виктору Эммануилу II, после проведенного там в пользу присоединения к королевству плебисцита.
Судьба римского вопроса оказалась значительно сложнее. Кавур считал, что Рим в качестве столицы необходим молодому королевству. Часть богословов во главе с иезуитом Пассалья не видели в светской власти Папы необходимого условия существования папства. Кавур предполагал добиться Рима в согласии с католическим миром. «Римский вопрос, – заявлял он в палате, – не может быть решен оружием». После смерти Кавура французский посол запросил в январе 1862 г. папское правительство, не согласится ли оно способствовать торжеству итальянского патриотизма. Рим ответил отказом.
Готовность поспособствовать присоединению Папской области проявил Гарибальди. Он сделал своим лозунгом фразу «Рим или смерть». Премьер-министр Ратацци вел двусмысленную политику, и многие, в том числе Гарибальди, считали, что правительство окажет содействие предприятию против Рима. В конце августа 1862 г. Гарибальди и 2500 добровольцев высадились в Калабрии и двинулись на высоты Аспромонте. Несмотря на желание обеих сторон избежать кровопролития, оно все же произошло 29 августа. В числе раненых был и Гарибальди, которого королевские войска взяли в плен. Итальянское правительство из страха перед Францией реально противилось этой экспедиции.
Понтифик продолжал настаивать на необходимости существования своего государства, более того он провозглашал в конце 1864 г. полное верховенство церковной власти над гражданской. Разрешение венецианского вопроса на некоторое время отодвинуло римский вопрос на второй план. Согласно подписанной в 1864 г. Конвенции в 1867 г. французские войска оставили Папскую область, но никакого восстания против Папы там не произошло. В июле 1867 г. Гарибальди стал собирать добровольцев для вторжения в Папскую область. Однако правительство Италии не решилось противодействовать ясно выраженному требованию Франции, помешать предприятию Гарибальди. Ратацци отправил его на остров Капреро, но он оттуда сбежал. 3 ноября 1867 г. при деревне Ментано произошло сражение, в котором гарибальдийцы были разбиты папскими и французскими войсками. В донесении об этой битве присутствовала известная фраза «Шаспо (новые военные ружья) в этот день совершили чудеса». Французская сторона не стесняясь заявляла, что Италия никогда не завладеет Римом.