Распад Кальмарской унии привел к дальнейшей дестабилизации политической обстановки в Дании. После смерти Фредерика I (1533) свергнутый Кристиан II попытался вернуть свои права на престол и призвал в Данию наемные войска Любека. Эта армия под командованием Кристофера Ольденбургского быстро захватила Зеландию, Фюн и Скон. В Северной Ютландии началось крестьянское восстание. Однако сам Кристиан II неожиданно попал в плен. На престол взошел ставленник датской аристократии Кристиан III (1536–1559). Вскоре королевская армия подавила восстание и разгромила флот Любека. Все эти события, получившие название «графской распри», имели неоднозначные последствия. Решение риксдага 1536 г. восстановило широкие полномочия Государственного совета, в том числе в вопросах войны и мира, принятии ключевых законов. Однако Кристиану III удалось одновременно усилить и королевскую власть. По его инициативе в Дании была проведена реформация по лютеранскому образцу. Епископы-католики были арестованы, а церковная десятина начала собираться в пользу государства. Насильственно Реформация была проведена и в Норвегии, причем языком богослужения (как и языком государственного управления) здесь стал датский. Норвегия окончательно утратила статус члена унии и превратилась в датскую провинцию.
Правление короля Фредерика II (1559–1588) привело к ослаблению Дании. Страна была втянута в семилетнюю войну против Швеции, в ходе которой казна оказалась опустошена, а многие провинции на Скандинавском полуострове разорены. Преемнику Фредерика II Кристиану IV (1588–1648) пришлось предпринимать энергичные усилия для восстановления международного престижа страны и укрепления королевской власти. В 1614 г. в Дании была создана постоянная армия, пополняемая на основе рекрутской повинности. Исполнительная власть полностью сосредоточилась в руках короля и его ближайшего окружения. Высшие государственные должности, традиционно передаваемые выходцам из старинных дворянских родов, утратили свое значение и по большей части перестали замещаться. Кристиан IV пытался укрепить сословный характер датского общества. Официально были запрещены браки дворян на женщинах иных сословий. Распри дворянских группировок решительно пресекались королем. В интересах купечества и магистрата проводилась протекционистская политика, в том числе развивалась рыночная инфраструктура, укреплялся флот, создавались торговые монополии. При этом сепаратизм бюргерской верхушки был подорван благодаря вводу в состав магистратов ратманов – особых должностных лиц, назначаемых королем, а также созданию городских торговых судов, зависимых от королевской власти. Важные социально-политические последствия имело и признание государством права собственности крестьян-арендаторов на возведенные ими постройки и хутора. Именно свободные крестьяне уже вскоре стали опорой королевской армии.
В начале XVII в. Дания переживала подъем. Кристиан IV попытался использовать этот момент для укрепления международного положения страны. В 1611–1613 гг. Дания развязала новую войну против Швеции (Кальмарская война). Военные действия не привели к явному перевесу ни одной из сторон. В итоге Дания получила крупную денежную контрибуцию, а Швеция – право на беспошлинную торговлю через Зундский пролив. Вскоре Дания вступила и в Тридцатилетнюю войну, поддержав коалицию протестантских немецких князей. На этот раз военная удача отвернулась от Кристиана IV. Имперские войска вторглись в Шлезвиг-Гольштейн и на Ютландский полуостров. Лишь поддержка со стороны Швеции и Франции позволила Дании заключить мир на сравнительно мягких условиях – датчане обязались не вмешиваться в дела Священной Римской империи (Любекский мирный договор 1626 г.). А в 1643 г. Швеция в союзе с Гольштейн-Готторпским герцогством начала новую войну против ослабевшего соседа. Осада Копенгагена заставила Кристиана IV уступить шведам острова Эзель и Готланд, а также часть Норвегии. Спустя три года после окончания этой войны Кристиан IV скончался. Его преемник Фредерик III (1648–1670) получил в наследство почти разоренную страну, расстроенные государственные финансы и деморализованную армию. Во всех слоях населения нарастало недовольство королевской властью.
Очередная война со Швецией (1657–1660) поставила Данию уже на грань военно-политического краха. Шведская армия быстро овладела Ютландией и высадилась в Зеландии. В феврале 1658 г. в Роскилле был подписан мирный договор, по которому Дания лишалась нескольких областей, а также острова Борнхольм. В интересах союзника шведов герцога Гольштейн-Готторпского Дания отказывалась от верховных прав на Шлезвинг. Менее чем через год шведская армия вновь осадила Копенгаген. Но на этот раз датчанам удалось отразить нападение. Обороной города руководил лично Фредерик III. К тому же разгрома Дании не хотели и крупные европейские державы. Под их давлением шведы пошли на заключение мира.