Не сразу свыклась христианская масса с согражданством вчерашних рабов. Многие не могли спокойно видеть, как евреи носят трехцветные офицерские кокарды вместо прежнего желтого знака и гордо участвуют в республиканских манифестациях. Христианские соседи гетто иногда прикрепляли к своим кокардам крестики, чтобы их отличали от евреев. Отряды национальной гвардии сначала неохотно принимали в свою среду еврейских добровольцев, но впоследствии это недоверие исчезло, так как евреи доказали свой республиканский патриотизм и выдвинули даже нескольких офицеров в национальной гвардии (Баррафаль и др.). Еврей Иезекиель Морпурго был назначен «сенатором», членом высшего суда республики. Немало, однако, терпели евреи от режима военной оккупации. Невыносима была тяжесть непрестанных контрибуций, налагавшихся на население французскими генералами. Заставляли вносить в военную казну огромные суммы; еврейских женщин принуждали шить одежду для солдат даже в субботние дни, что вызвало ропот в гетто. Большие жертвы несли евреи за свободу и за удовольствие видеть унижение своего врага, католического духовенства. Республиканские власти конфисковали движимое имущество Папы и кардиналов и продавали его с публичного торга; среди покупателей были и евреи, которым доставались, между прочим, и принадлежности церковного богослужения. Добрых католиков возмущало это участие «врагов церкви» в ликвидации ее имущества; но и многие христиане относились к реликвиям не с большим почтением. Духовенство служило тогда предметом глумления в Риме. В одном собрании граждан было высказано пожелание, чтобы всем священникам наложить клеймо на лоб; другие требовали, чтобы патеров отправили на жительство в то гетто, куда они раньше запирали евреев. Нигде так ярко не сказалась историческая Немезида, как в этом внезапном повороте судьбы... Но поворот был мгновенный: близился конец эфемерной Римской республики.
Осенью 1799 года власть французов в Риме сменилась господством неаполитанских войск. Пришлось расплатиться за участие в революции. Пошла полоса штрафных контрибуций, жестоко взимавшихся с еврейского населения. Кроме огульной суммы, наложенной на пять синагог, с каждого жителя требовалась пеня в размере двух процентов со стоимости его имущества. Хозяйничанье неаполитанцев было так тягостно, что, когда эти орды удалились и в Рим вступил новоизбранный Папа Пий VII (его предшественник, Пий VI, умер в изгнании во Франции), евреи встретили его чуть ли не как избавителя (3 июля 1800 г.). Им казалось, что новый Папа, наученный горьким опытом, не будет применять методов старого, инквизиторского управления. Их надежда отчасти оправдалась. Пий VII несколько смягчил суровый режим гетто: облегчил тяжесть налогов, менее стеснял свободу промыслов, не настаивал на применении унизительных канонических правил. С разрешения Папы было избрано новое общинное правление из 27 лиц, причем избранные раввины и старшины были освобождены от той личной ответственности по гражданским и уголовным делам членов общины, которая в прежние времена держала в страхе вождей гетто.
Реставрация была прервана спустя восемь лет новым переворотом. В начале 1808 г. наполеоновские войска заняли Рим, а 10 июня 1809 г. вся Церковная Область была присоединена к Французской империи. Пия VII увезли, как пленника, в Фонтенбло, где он оставался почти пять лет. Снова была объявлена эмансипация евреев; стали вводиться внутренние реформы в духе решений парижского Синедриона. Декретом Наполеона от 4 июля 1811 г. была учреждена в Риме центральная консистория для всех еврейских общин бывшей Церковной Области. Во главе консистории стоял римский «великий раввин» Леон де Леоне. На торжестве открытия консистории один из членов ее произнес речь, в которой, прославляя императора Наполеона как освободителя, сказал: «В короткий двухлетний промежуток (владычества Франции) среди нас развились земледелие и фабричная промышленность; наши сыновья отважно устремились в область наук и искусств; больше того, они призваны участвовать в славных победах (войнах Наполеона)». Участники торжества не подозревали тогда, что не пройдет и трех лет — и они снова будут отброшены во тьму гетто. Когда звезда Наполеона закатилась, Церковная Область была восстановлена под властью возвращенного Папы и для евреев наступила эпоха тяжелой реакции (1814).