Среди выпадов, делавшихся в отношении неугодных мусульманских лидеров, не последнее место занимали упреки в отступлении от канонов ислама. Перечень ересей обычно ограничивался тремя пунктами: язычеством, экуменизмом и ваххабизмом. 16 июля 1992 года в Набережных Челнах состоялось торжественное открытие мечети «Таубе» («Покаяние»). Церемонию открытия сопровождал скандал, вызванным тем, что имам-хатыб мечети «Таубе» Идрис Галяутдинов проигнорировал распоряжение муфтия Талгата Таджуддина установить в мечети витраж экуменического содержания. Многие аналитики склонны считать, что именно этот случай открытого неподчинения Таджуддину стал отправной точкой раскола ДУМЕС. Как бы то ни было, в числе обвинений, выдвинутых Талгату Таджуддину в преддверии учредительных съездов ДУМ Республики Башкортостан и ДУМ Республики Татарстан, равно как и на самих съездах, фигурировало обвинение в еретическом экуменизме, выраженном в попытке смешать ислам, христианство и иудаизм. Таджуддин в свое оправдание отвечал, что видел подобный витраж в стамбульской Голубой мечети, однако в начале 90-х идеи экуменизма и межрелигиозного сотрудничества не были особенно популярны в мусульманской среде.
Со временем Талгат Таджуддин, активно участвовавший в межрелигиозном диалоге, дал новые поводы для критики.
Весьма бурную реакцию оппонентов главы ДУМЕС-ЦДУМ вызвали его высказывания о «Святой Руси», об «огромных праздниках для мусульман» – Рождестве Христовом и Пасхе, об объединении ислама и христианства в XXI веке.