На территории России главную угрозу для целостности ДУМЕС стали представлять Республики Татарстан и Башкортостан, получившие особо привилегированный статус и всячески укреплявшие свою новообретенную государственность любыми, в том числе и весьма сомнительными, способами.
Изменения в статусе бывшей Татарской АССР привели к тому, что власти «суверенного государства» Республики Татарстан просто не могли позволить, чтобы их ведущие религиозные организации управлялось с территории «соседздании такой «церкви» на основе альтернативной Московскому Патриархату юрисдикции. На этом фоне мусульманское сообщество республики, на которое возлагались особые надежды, не имело никаких шансов избежать принципиальных реформ своего административно-территориального деления.
Президент Татарстана Минтемир Шаймиев в 1991 году попытался уговорить верховного муфтия Талгата Таджуддина перенести штаб-квартиру ДУМЕС в «центр российского ислама» – Казань, и, получив отказ, стал готовить почву для создания собственного муфтията. Роль «застрельщиков» сепарационного процесса была отведена татарстанеким националистическим партиям, в первой половине 90-х годов вполне подконтрольных республиканским властям.
В августе 1992 года активисты партий Всетатарский общественный центр, «Иттифак» и «Азатлык» сыграли решающую роль в созыве учредительного съезда независимого ДУМ РТ. По мнению Талгата Таджуддина, озвученному «Российской газетой», этот съезд финансировался лидерами Всетатарского общественного центра братьями Кашаповыми. После создания ДУМ РТ власти Татарстана без проволочек признали его легитимность и стали открыто отдавать предпочтение муфтию Габдулле Галиуллину, хотя лояльные ДУМЕС имам-мухтасибы все еще контролировали большинство общин республики.
В конце 1995 года Габдулла Галиуллин перешел в оппозицию Шаймиеву, и татарстанский президент, дороживший своим авторитетом в мусульманском мире, впервые открыто вмешался во внутримусульманские дела. По его инициативе в феврале 1998 года был созван III съезд ДУМ РТ, названный впоследствии Объединительным. Новым председателем ДУМ РТ стал полностью лояльный Шаймиеву Гусман Исхаков. Многие аналитики и мусульманские лидеры склонны считать, что итоги съезда были заранее предопределены работой, проведенной среди его делегатов местными администрациями по указанию республиканских властей. Чтобы закрепить достигнутый успех и застраховать мусульманское сообщество от новых расколов, в июле 1999 года был принят Закон Республики Татарстан «О свободе совести и о религиозных объединениях», в соответствии со статьей 10 (пункт 5) которого «мусульманские религиозные организации в Республике Татарстан представляются и управляются одной централизованной религиозной организацией – Духовным управлением мусульман Республики Татарстан». Эта статья (отмененная по решению Конституционного суда России летом 2001 года) фактически поставила вне закона все альтернативные ДУМ РТ мусульманские централизованные структуры. Попытки воссоздать в республике Региональное ДУМ Татарстана в составе ЦДУМ особым успехом не увенчались, и последняя община этого муфтията – казанская мечеть «Булгар» была силой переведена в юрисдикцию ДУМ РТ в октябре 2001 года.
В свою очередь, власти Республики Башкортостан имели другую мотивацию для раскола ДУМЕС. Более всего в этой организации их не устраивал крайне низкий процент башкир в руководящем звене. Данный факт особенно болезненно воспринимался на фоне бурного роста башкирских националистических движений, ставшего неизбежной издержкой первого этапа «суверенизации». Организации такого рода, будучи зависимыми от республиканских властей, в свою очередь, оказывали заметное влияние на формирование новой башкортостанской идеологии. Основным источником идей для нее стал недолгий период политической активности башкир в 1917-1918 году, в частности, ознаменовавшийся созданием национального ДУМ.