Нужно заметить, что в полемике между ЦДУМ и Советом муфтиев России соратники муфтия Талгата Таджуддина (муфтии Мухаммадгали Хузин, Альбир Крганов, Барый Хайруллин и Назымбек Ильязов) часто обвинялись в использовании административного ресурса для защиты своих интересов и недопущении альтернативных мусульманских структур на свою территорию. Между тем наиболее выраженные формы такая практика приобрела как раз в лагере гайнутдиновцев – так, сам Равиль Гайнутдин при помощи властей жестко пресекал любые попытки строительства в Москве неподконтрольных себе мечетей (истории с Мусульманским благотворительно-культурным центром России на ул. Островитянова, соборной мечетью ЦДУМ в районе Лужников, мечетью ДУМ «Ассоциация мечетей России» в ЮгоВосточном административном округе и шиитской мечетью в Отрадном). Татарстанский муфтий Гусман Исхаков вообще был официально признан единственным легитимным муфтием республики, а «имам Поволжья» Мукаддас Бибарсов боролся за общину г. Энгельса, вознамерившуюся перейти в ДУМ «Ассоциация мечетей», путем мобилизации половины чиновников Саратовской области.
Нередко серьезными неприятностями для мусульманского сообщества оборачивалось не только желание региональных властей установить полный контроль над мусульманской общиной, но и просчеты самих духовных лидеров ислама в политической сфере. Участие муфтиев либо их доверенных лиц в политической борьбе, особенно во время выборов, часто приводило к затяжным конфликтам со власть имущими и провоцировало их на вмешательство во внутриисламские дела. 16 октября 1995 года шакирды (студенты медресе), подстрекаемые руководством ДУМ РТ, захватили здание бывшего медресе «Мухаммадийя» в Казани. Данный захват прошел без ведома и в отсутствие президента Татарстана Минтимера Шаймиева, поэтому был расценен им как неприкрытый вызов. По мере развития конфликта обе его стороны заняли крайне жесткую позицию, что в итоге привело к личной ссоре между Шаймиевым и председателем ДУМ РТ муфтием Габдуллой Галиуллиным.
Правоохранительные органы возбудили против инициаторов захвата здания бывшего медресе Габдуллы Галиуллина и ректора казанского медресе имени 1000-летия ислама Исхака Лутфуллина уголовные дела, инкриминировав им также захват мечети «Аль-Марджани» в 1994 году. Параллельно в республиканской прессе была развернута кампания по дискредитации Галиуллина и Лутфуллина, обвинявшихся в краже одноразовых шприцов, избиении пожилых прихожан и связях с криминальными структурами. Габдулла Галиуллин, в свою очередь, стал активно заниматься политикой и в июне 1996 года выступил инициатором создания движения «Мусульмане Татарстана» естественно, оппозиционного Шаймиеву. По мнению автора статьи «Омет» в справочнике по общественно-политическим движениям и партиям Татарстана, «до начала 1998 г. движение «Мусульмане Татарстана» потенциально обладало значительными электоральными возможностями» и, следовательно, представляло реальную угрозу для режима Шаймиева. Наличие в республике двух муфтиятов, лидеры которых были равно недружественны власти Татарстана, и потенциальная опасность политических инициатив Габдуллы Галиуллина подвигли президента Татарстана Шаймиева на прямое вмешательство во внутримусульманские дела. В конце 1997 года власти Татарстана начали подготовку к III съезду ДУМ РТ, на который возлагались особые надежды. Президент Татарстана организовал встречу Габдуллы Галиуллина и председателя ЦДУМ Талгата Таджуддина и заручился их поддержкой, пообещав обеспечить честные выборы единого татарстанского муфтия. Однако за 10 дней до открытия съезда муфтий Габдулла Галиуллин и лидеры партии «Иттифак» обвинили светские власти Татарстана в давлении на будущих участников съезда и пригрозили отменить его созыв. 14 февраля 1998 года, как и планировалось заранее, в Казани открылся III съезд ДУМ РТ, впоследствии названный Объединительным. Съезд прошел без каких-либо эксцессов и по заранее прописанному сценарию. Президент Татарстан Минтемир Шаймиев в своей программной речи достаточно прозрачно намекнул, кого он хотел бы видеть на посту муфтия единого ДУМ РТ. Вкупе с проделанной региональными администрациями работой и усилиями правоохранительных органов речь Шаймиева предопределила итоги голосования и новым председателем ДУМ РТ был избран заместитель Габдуллы Галиуллина Гусман Исхаков, сын духовной наставницы жены президента Шаймиева Рашиды-абыстай.