Возникшее в августе 1992 года независимое ДУМ РБ, несмотря на провозглашенный башкиро-татарский характер, стало точной копией башкирского ДУМ советских времен, осенью 1994 года почти дословно воспроизведя его требования об отчуждении всего недвижимого имущества ЦДУМ Внутренней России и Сибири в свою пользу. Со временем борьба ДУМЕС-ЦДУМ и ДУМ РБ приобрела затяжной характер, и власти Башкортостана предпочли от нее дистанцироваться. Политика невмешательства во внутримусульманский конфликт проводилась властями республики вплоть до весны 2000 года, когда Президент РФ В.В. Путин якобы намекнул президенту Республике Башкортостан Муртазе Рахимову о необходимости оказать поддержку ЦДУМ и по возможности устранить раскол исламского сообщества республики. 5 июня 2000 года госсекретарь республики И.А. Адигамов вызвал председателя ДУМ РБ муфтия Нурмухаммада Нигматуллина и его первого заместителя Айюба Бибарсова для приватной беседы и предложил им на «принудительно-добровольной основе» войти в состав ЦДУМ, в противном случае обещая провести работу на местах и инициировать воссоединение муфтиятов «снизу». Эту встречу предварил ряд статей в правительственных СМИ, направленных на дискредитацию ДУМ РБ.
Нурмухаммед Нигматуллин, весьма серьезно воспринявший угрозы Адигамова, поспешил обратиться за помощью к председателю Совета муфтиев России муфтию Равняю Гайнутдину. 9 июня Совет муфтиев России обнародовал заявление, в котором, в частности, утверждалось, что «попытка грубого вмешательства со стороны должностных лиц государственного аппарата Республики Башкортостан во внутренние дела верующих представляет собой явное нарушение Конституции и законов РФ и РБ и норм международного права». Оперативная реакция лидеров Совета муфтиев на попытку ликвидации ДУМ РБ и кампания в дружественных им СМИ вынудили башкортостанские власти объявить произошедший инцидент личной инициативой Адигамова и освободить его от занимаемой должности. Эта история наглядно продемонстрировала, что манипуляции с мусульманским сообществом не всегда заканчиваются победой местных властей. Впрочем, скорее всего скандал с объединением ЦДУМ и ДУМ РБ действительно был вызван личной инициативой Адигамова, не имевшего никакой санкции сверху.
К последнему случаю открытого вмешательства светских властей во внутримусульманские дела можно отнести проекты ставропольского Совета по экономической и общественной безопасности. Неоднородный этнический состав ставропольской уммы и связанные с ним межнациональные трения на фоне пассивности ДУМ Карачаево-Черкесской Республики и Ставрополья (ДУМ КЧРиС), не способного препятствовать радикализации мусульман края, вынудили правительство Ставропольского края начать работу по созданию собственного ДУМ с центром в Ставрополе. Эта работа была поручена Совету по экономической и общественной безопасности, сотрудники которого собрали 20 марта 1999 года встречу шести имамов из сел Кара-Тюбе, Канглы, Серноводское и Иргаклы, выступивших с инициативой проведения в крае съезда всех руководителей мусульманских общин с целью создания самостоятельного ДУМ Ставропольского края. По итогам встречи была образована инициативная группа по подготовке съезда, которая разослала во все общины края письмо с предложением включиться в процесс образования нового муфтията. Мнение лидеров ДУМ КЧРиС было, естественно, проигнорировано. Единственным положительным примером вмешательства региональных властей во внутримусульманское противостояние стали усилия правительства Республики Дагестан, направленные на преодоление полиэтнического раскола мусульманского сообщества. В 1994 году правительство республики (ключевые посты в котором занимали даргинцы) определило своим приоритетным партнером аварское ДУМ Дагестана, зарегистрировав его как единое дагестанское ДУМ. Деятельность же других централизованных мусульманских структур была приостановлена. В 1997 году эта практика получила обоснование в местном законе «О свободе совести, свободе вероисповедания и религиозных организациях» (глава IV, статья 6). Далеко не все мусульманские лидеры республики одобрили действия властей и признали особый статус аварского ДУМ, однако к 1997 году раскол дагестанской уммы был хотя бы внешне устранен, что стало неоспоримым плюсом для всего дагестанского общества.