В сложившихся условиях единственным желанием дяди было вернуться в Петроград и найти там мать и сестру. Он узнал, что в Поти стоит пароход, который должен уйти в Севастополь. Дядя полагал, что добраться до дома из Севастополя будет легче, чем из Тифлиса. Кроме того, он надеялся найти там младшего брата — моего отца, о судьбе которого ничего не знал. Прибыв по железной дороге в Поти, он сел на пароход и оказался в Севастополе. Там дядя быстро убедился, что «хрен редьки не слаще». После подписания Брестского мира Украина и Крым были оккупированы немецкими войсками, Украина также была объявлена независимой. Брата в Севастополе дядя не застал, зато встретил двух знакомых офицеров, бежавших с севера. Они ему рассказали про ВЧК, про расстрелы офицеров и про другие «прелести» нового режима. Перед дядей встала проблема выбора: либо несмотря ни на что пробираться через оккупированную Украину на север, либо плыть по Азовскому морю туда, где собирались противники большевистского режима. Дядя выбрал второй путь. Все последующее от него уже не зависело. Из Севастополя он добрался до Екатеринодара и 1 августа 1918 года был зачислен в Добровольческую армию. Его направили в одно из саперных подразделений. Осенью 1918 года он был ранен. Прибыв с фронта на излечение в Екатеринодар, он встретил там своего двоюродного брата Павла Николаевича Шатилова, с которым расстался несколько месяцев назад в Тифлисе. В дальнейшем они старались не терять друг друга из вида.
Генерал Шатилов был одним из руководителей Вооруженных сил Юга России (ВСЮР), поэтому сохранились достаточно подробные сведения о его участии в Гражданской войне (см., например: Рутыч Н. Биографический справочник высших чинов Добровольческой армии и Вооруженных Сил Юга России. М., «Regnum» и «Российский архив», 1997, стр. 269, 270). Из Тифлиса через Владикавказ он добрался до Екатеринодара и 9 сентября 1918 года вступил в Добровольческую армию. Командовал 1-й конной дивизией, 4-м конным корпусом, 15 марта 1919 года был тяжело ранен, но через месяц снова вернулся в строй. В мае 1919 года главнокомандующий Вооруженными силами Юга России генерал Деникин присвоил ему за боевые отличия в боях под Манычем чин генерал-лейтенанта, а в июне назначил его начальником штаба Кавказской армии, действовавшей на Царицынском направлении. Командующим этой армией был генерал Врангель, хорошо знавший Шатилова со времени русско-японской войны. Свой дальнейший путь генералы прошли вместе вплоть до смерти Врангеля в 1928 году.
Поздней осенью 1919 года положение армии Деникина стало критическим. От былых успехов не осталось и следа. Среди офицеров росло недовольство. Врангель считал причиной многих неудач ошибочные, по его мнению, решения Деникина. Шатилов поддерживал в этом споре своего непосредственного командира. Возник острый конфликт, который привел в конце концов к полному разрыву Деникина с Врангелем и Шатиловым. События развивались следующим образом. 26 ноября 1919 года Деникин снял с должности командующего Добровольческой армией проявившего полную несостоятельность генерала Май-Маевского. Новым командующим армией был назначен Врангель, начальником штаба — Шатилов. Однако уже 20 декабря Добровольческая армия была реорганизована в Отдельный Добровольческий корпус. Корпус возглавил генерал Кутепов, Кутеп-Паша, как его звали подчиненные. При этом Врангель и Шатилов были освобождены от своих должностей в связи с их упразднением и переведены в резерв. В течение полутора месяцев они были не у дел, а 8 февраля 1920 года Деникин уволил обоих в отставку и предложил им покинуть Россию. Врангель и Шатилов были вынуждены уехать в Константинополь. Однако положение Белой армии не изменилось к лучшему, и через полтора месяца Деникин под давлением офицерского корпуса был вынужден поставить вопрос о своей отставке с поста главнокомандующего. 22 марта 1920 года в Севастополе под председательством генерала Драгомирова состоялось заседание Военного совета, для участия в котором из Константинополя в Крым были срочно вызваны опальные генералы Врангель и Шатилов. Совет принял отставку Деникина и единогласно избрал его преемником генерала Врангеля. Последний назначил Шатилова своим помощником.