В рассматриваемый период Комиссия по вопросам культов при ЦИК СССР запретила
еврейским религиозным общинам выпекать опресноки (мацу), разрешив выпечку только в государственных пекарнях, что делало этот продукт непригодным для употребления религиозными евреями. Это решение властей вызвало волну протестов со стороны верующих. В письме пяти членов Ленинградской хоральной синагоги И. Сталину, председателю ЦИК СССР М. Калинину и председателю Совнаркома В. Молотову говорилось, что запрет на выпечку мацы "не имеет прецедента в истории". В ответ на это обращение верующих евреев (1938 г.) были арестованы несколько раввинов Московской общины при хоральной синагоге во главе с Ш.И.Л. Медалье, а также руководитель столичной религиозной общины М. Брауде. Их обвинили в шпионаже. Медалье и несколько его подельников были расстреляны.В 1937-1938 гг. прошли массовые аресты среди так называемых хасидов
- представителей одной из ветвей иудаизма.В 1937 г. в Цхинвале (Грузия) были расстреляны девять особо почитаемых грузинских евреев.
В 1939-1941 гг. прошли аресты большинства еврейских священников, и в сохранившихся синагогах почти не стало раввинов.
Итоги "борьбы с религиозными предрассудками" таковы: к концу 1939 г. в СССР осталось всего 159 "служителей культа" - евреев, в том числе на Украине - 82, в Белоруссии - 58, 18 - в Грузии и 1 - в Азербайджане. Для сравнения: в 1927 г. в стране ещё было 1034 синагоги и 830 раввинов. Ещё раз подчеркнём, что у православных, католиков, мусульман и буддистов потери среди священнослужителей также были очень большими.
Советско-германский пакт о ненападении, подписанный 23 августа 1939 г., "подвёл" под советскую юрисдикцию территории с почти двухмиллионным еврейским населением
. За исключением немногих представителей еврейской буржуазии, сумевших перебраться на Запад, большинство еврейского населения, оказавшегося на территории СССР, лояльно относилось к новой власти, которая провозгласила национальное и социальное равенство. В короткий срок на новых территориях были ликвидированы безработица и различные формы дискриминации в области занятости и образования, что положительно сказалось на положении местного еврейства.Но уже 28 октября 1939 г. Народное собрание Западной Украины, созданное по инициативе и при участии советских "специалистов", приняло законы
о национализации банков, крупных промышленных предприятий и транспорта, о национализации помещичьих и монастырских земель. Аналогичные законы были приняты на присоединенных территориях Западной Белоруссии, Бессарабии и прибалтийских стран. Прибывшие вслед за войсками на эти территории советские чиновники взяли курс на ускоренную и тотальную национализацию средств производства по уже отработанной схеме. Эти мероприятия сразу же ударили по еврейскому населению. Многих евреев не брали на службу в советские учреждения из-за "буржуазного происхождения" или работы в весьма развитой сети еврейских общественно-политических организаций. Были также закрыты еврейские учебные заведения, существовавшие до присоединения, но было организовано много школ с преподаванием на языке идиш, а также и еврейских театров.На положении евреев существенно повлияли союзнические советско-германские отношения. Согласно "соглашению о взаимной репатриации граждан" советские власти передавали в руки нацистов значительное число бывших немецких евреев-коммунистов и социал-демократов, скрывавшихся в Польше и бежавших на "новую" советскую территорию.
С октября 1939 г. Советы закрыли западную границу и начали бороться с перебежчиками с оккупированной нацистами территории. Власти нацистской Германии надеялись на согласие Сталина разрешить массовое переселение евреев в СССР не только из оккупированной Польши, но и с территории самого рейха. Предложение нацистов, к сожалению, принято не было, хотя большевики знали о начавшихся в Германии в 1939 г. издевательствах и преследованиях евреев.