Дома также использовались в качестве «кладбища»: во многих из них были обнаружены захоронения. В одном из домов было похоронено 68 человек. Тела усопших хоронили под полом домов, чаще всего, под очагами и другими внутренними возвышениями, вместе с дарами: драгоценными и полудрагоценными камнями, оружием, тканями, деревянными сосудами. Подобная практика наблюдалась до XX века на полинезийском острове Тикопиа. Тела усопших тщательно пеленали и нередко укладывали в плетеные корзины или заворачивали в тростниковые маты. Поскольку скелеты часто расчленены, предполагают, что перед захоронением тела долго выставляли на открытом воздухе, после чего хоронили только кости. Иногда черепа отделяли, вероятно, для использования в неком ритуале, так как их находят в других местах поселения.
Найденные черепа были покрыты алебастром, моделируя лицо, и раскрашены охрой. Подобные обычаи известны у населения из неолитических поселений Средиземноморья, в том числе из Иерихона и Чаёню (Турция). Всё это может говорить о культе черепа в Чатал-Хююке. Поскольку тела лиц с высоким статусом хоронили отдельно от черепов, исследователи сопоставили количество подобных мужских и женских захоронений и обнаружили, что оно приблизительно одинаково.
Младенческая смертность была велика, так как детских могил найдено довольно много. Кости многих детей содержат признаки анемии (малокровие), которая вероятно была из-за недоедания.
Анализ зубов захороненных людей показал, что в могилах одного дома хоронили людей, не связанных биологическим родством.
Около трети домов были красочнее, чем остальные, со скульптурами бычьих голов. Хотя дома близко находились друг к другу, однако они не имели общих стен. Каждая семья, таким образом, была относительно независима от соседей и ремонтировала свой дом по своему желанию.
Чатал-Хююк показывает переход между докерамическим неолитом и керамическим неолитом. В старых слоях археологи керамики не находят, однако кувшины начинают появляться в более молодых слоях в промежутке от 7050 г. до н.э. до 6800 г. до н.э. повсеместно. С самого начала они, вероятно, использовались только для хранения, и только потом (около 6500-6400 г. до н.э.) для приготовления пищи. Самые молодые слои имели кувшины с простыми геометрическими узорами, а кувшины с Кучук-Хююка имеют более сложные геометрические узоры.