Сам Цезарь тоже хотел видеть Цицерона на своей стороне и сообщил ему об этом в марте 49 г. (Att., IX, 6a; п. 357); Цезарь желал «пользоваться его советом, влиянием, высоким положением, помощью во всем». В своем ответе Цезарю (Att., IX, 11a; п. 365) Цицерон пытается склонить Цезаря к восстановлению мира в стране и заверяет его в своей лояльности и нейтралитете. Позднее, при свидании с Цезарем во второй половине марта, Цицерон проявил твердость и отказался поддерживать в сенате его требования (Att., IX, 18, 1; п. 374).
3 марта 49 г. Цицерон писал Аттику: «Ведь опасность — в гневе обоих противников; победа же настолько неопределенна, что худшее дело [победа Цезаря] кажется мне подготовленным… Размышления о долге меня терзают и терзали до сего времени. Более осторожно, конечно, остаться [в Италии]; более честным считают переправиться [в Эпир, к Помпею]» (Att., VIII, 15, 2; п. 347).
Особую опасность Цицерон видит в возможной победе Цезаря: «Что происходит? Об императоре римского народа говорим мы или о Ганнибале? О, безумный и жалкий человек, никогда не видевший даже и тени прекрасного! И все это он, по его словам, делает ради сохранения достоинства! Но где же достоинство, если не там, где нравственная красота? В нравственном отношении прекрасно, следовательно, иметь войско без официального решения, занимать города, дабы облегчить себе доступ в отечество, задумать отмену долгов, возвратить изгнанников, совершить сотни других преступлений, “чтоб высшую богиню — власть иметь”..?» (Att., VII, 11, 1; п. 303). Цицерон сравнивает Цезаря с прославившимся своей жестокостью агригентским тиранном Фаларидом (Att., VII., 12, 2; п. 304).
Не менее жестоким считает он и Помпея: «Что за угрозы муниципиям, поименно честным мужам, наконец, всем, кто останется в Италии! Как часто пресловутое: “Сулла смог, а я не смогу?”… Душа Помпея уже давно сулльствует и проскрипствует» (Att., IX, 10, 2; 6; п. 364). «Помпей — одни только проскрипции, одни только суллы» (Att., IX, 11, 3; п. 366). Но Цицерон все-таки отдает предпочтение Помпею: «За царскую власть происходит борьба; в ней обращен в бегство более умеренный царь, более честный и более бескорыстный» (Att., X, 7, 1; п. 385).
О подавленном настроении Цицерона можно судить по следующим двум его письмам к Аттику от мая 49 г.: «О, несчастная жизнь! Бояться так долго — зло большее, чем то, чего боишься» (Att., X, 14, 1; п. 396). «Видел ли ты более несчастного человека? Не говорю большего, дабы не терзать также и тебя, сам мучусь из-за того, что пришло время, когда я уже ничего не могу сделать ни храбро, ни благоразумно» (Att., X, 18, 3; п. 400).
Несмотря на весь свой страх перед возможной победой Помпея, Цицерон все же признал ее меньшим злом, чем возможная победа Цезаря, и, нарушив прямой запрет Цезаря (Att., X, 8; п. 388), в июне 49 г. отплыл из Кампании, ускользнув от надзора цезарианцев, призывавших, его оставаться нейтральным (Att., X, 8a, 10; п. 388; 10, 2; п. 391; 12, 1; п. 393), и прибыл в Эпир, где стояли войска Помпея. При этом решении, должно было иметь значение и то обстоятельство, что Цицерон, выходец из всаднического сословия, как консуляр и сенатор, считал своим долгом быть на стороне сената, «нашего сословия» (Fam., XV, 2, 4; п. 220; «Об обязанностях», II, 63), в его столкновении с Цезарем.
По свидетельству Плутарха («Цицерон», XXXVIII), в Эпире Помпей не прибегал к услугам Цицерона ни в одном важном деле, а тот не скрывал своего сожаления о переходе на его сторону, за его спиной порицая его планы и позволяя себе остроты на его счет (
После сражения под Диррахием, в котором Помпей нанес поражение Цезарю, 9 августа 48 г. под Фарсалом, в Фессалии, произошло сражение, окончившееся разгромом сил Помпея. Помпей бежал в Египет, где был предательски убит 29 сентября.
Цицерон, по нездоровью не принимавший участия в военных действиях под Диррахием, не участвовал и в походе Помпея в Фессалию. Когда в Эпире узнали о поражении Помпея и о его бегстве, Цицерон отказался принять командование войсками, на что он имел право как консуляр. Он даже пожелал покинуть ряды воюющих, за что сын Помпея едва не обнажил против него меча. Марк Порций Катон отпустил Цицерона в Италию, где он, хотя и был консуляром и проконсулом, жил в Брундисии как политический изгнанник, ожидая возвращения Цезаря, который один мог решить его судьбу.