В соответствии с существовавшим придворным регламентом военный министр каждое утро информировал императора о положении в армии и о текущих вопросах, связанных с военно-политической обстановкой на границах империи, и в этот раз ему пришлось докладывать ещё и о происшествии 65-м Московском пехотном полку. Граф Д.А. Милютин получает личное указание императора судить виновного «по полевым военным законам, с назначением положенных для военного времени наказаний».
Таким образом, исход судебного решения с учётом Высочайшего мнения, особых задач полка, личности и потерпевшего, и преступника был практически предрешён заранее.Здесь мы должны обратиться к Разделу I «О преступлениях, проступках и наказаниях вообще»
Военно-уголовного устава, который предусматривал различные виды уголовных наказаний за воинские преступления, в том числе и смертную казнь, в обязательном порядке сопровождаемую лишением всех прав состояния (ст. 2), «суть: повешение и разстреляние».– «смертная казнь чрез повешение соединяется всегда с позорным лишением воинской чести. Смертная чрез разстреляние может быть по приговору суда, смотря по свойству преступного деяния, соединяема или не соединяема с позорным лишением воинской чести»;
При этом в Отделении IV «О замене одних наказаний другими»
была предусмотрена возможность смягчения назначенного наказания: ст. 55 «Смертная казнь с лишением всех прав состояния, по особому Высочайшему соизволению, а в военное время по распоряжению главнокомандующего, в силу предоставленного ему права, может быть заменена: для осужденного к разстрелянию – совершением над ним одного лишь обряда разстреляния, а для приговореннаго к повешению – поставлением его под виселицею на публичном месте, с позорным лишением воинской чести. Сия казнь знаменует политическую смерть, и за оною следует всегда ссылка в каторжные работы без срока или на определённое время».В ходе подготовки к судебному следствию Лев Николаевич Толстой предварительно встречается с полковником Юношей, сообщает ему о том, что будет выступать в суде защитником рядового В. Шабунина. Полковой командир довольно трезво, а потому скептически оценивает сложившуюся ситуацию: «Однако я не считаю возможным скрыть от вас, граф, что военные законы, особенно относительно нарушения дисциплины и такого тяжкого нарушения, как это сделал Шабунин, – весьма строги, а самый факт предания его военно-полевому суду уже почти предрешает вопрос о наказании. Там мало статей, говорил Юноша, но они категоричны: или смертная казнь, которая по особо уважительным причинам может быть заменена тяжелой каторжной работой, или полное оправдание. Впрочем, простите, граф, я совершенно упустил из виду, что вам, как отставному военному, да ещё севастопольскому защитнику, наши законы известны не хуже, нежели мне, – поторопился оговориться полковой командир»
(Бирюков П.И. Биография Льва Николаевича Толстого. Кн. 1. М.: ГИЗ, С. 32).