Павел VI реформировал нелюбимую им Римскую курию путём укрепления Госсекретариата и преобразования или создания новых ведомств (конгрегаций, комиссий и советов) в соответствии с духом «аджорнаменто»: по средствам массовой коммуникации; по диалогу между религиями; по литургической реформе (этот Совет вошёл позже в Конгрегацию богослужения); по делам мирян; по справедливости и миру; по толкованию текстов II Ватиканского собора; по пастырскому попечению о переселенцах. В 1965 году вместо Священной канцелярии — символа инквизиции — была создана Конгрегация по делам доктрины веры, во главе которой был поставлен известный своими обновленческими взглядами югославский кардинал Франциск Се-пер, заменивший консервативного итальянского кардинала Оттавини. А в 1966 году был отменён и Индекс запрещённых книг — осталось только моральное обязательство католика не продавать и не читать книг, которые могут подвергнуть опасности веру или мораль.
Понтифик осуществил замену кадров, поменяв состав ведущих ведомств и назначив за время своего понтификата 140 новых кардиналов. При этом по достижении 80 лет кардиналы лишались права участия в конклавах, а епископы увольнялись после 75 лет, что позволило устранять консервативно мыслящих иерархов.
Вместе с тем больше прав было передано национальным Конфренциям католических епископов,
внутри которых ведущие позиции занимали деятели, разделявшие модернистские идеи Собора. Появился и новый орган — Синод епископов, официально учреждённый на 4-ой сессии II Ватиканского собора в качестве информационно-совещательного органа при папе (в целях реализации Положения о «коллегии епископов», о которой говорилось в Догматической конституции о ЦерквиОднако более важные изменения коснулись скрытого уровня управления
Св. Престолом, что стало отражением нового характера отношений между руководством Ватикана и политической элитой. Речь идёт о тесном союзе, установленном между церковными иерархами и представителями влиятельных итальянских и международных масонских и мафиозных кругов. Через итальянскую мафию правящие церковные круги были тесно связаны с американскими финансами. Важную роль в укреплении этих отношений играл Священный альянс (СА), получивший при Павле VI второе дыхание.Действовавшее внутри Ватикана масонское лобби, вовлёкшее в себя в эти годы значительное число новых членов, епископов и кардиналов, как никогда усилило свои позиции. Павел VI был хорошо информирован об их деятельности. Как пишет исследователь Е.Фратинни, по его поручению, в течение трёх лет начиная с 1968 года, внутренняя контрразведка понтифика вела активное расследование об агентах масонских лож, собрав к 1971 году объёмный материал, воссоздавший полную картину всех связей масонов в различных отделах Ватикана, после чего понтифик лично попросил главу контрразведки прекратить следствие по этому делу и распорядился поместить материалы в Тайный архив[416]
. В итоге, если раньше сбор такого рода информации осуществлялся в целях противодействия масонской деятельности, то теперь задачи изменились на противоположные и о масонстве больше не говорили.Однако в 70-е годы в прессу стали просачиваться списки прелатов-масонов[417]
, наиболее полными из которых считаются два: один был опубликован в августовском номере журнала