Но ситуация изменилась опять-таки в конце 50-х — начале 60-х годов, когда с переходом руководства Московского патриархата к экуменической деятельности началось активное сотрудничество в рамках межхристианских и межправославных встреч. В декабре 1960 года Московский патриарх впервые
за 500 лет автокефального существования РПЦ посетил Константинополь (Стамбул) и встретился с патриархом Афинагором, и тогда же было принято решение начать подготовку к созыву Всеправославного собора. Важную роль в этом процессе стал играть Никодим Ротов, которого вместе с патриархом Афинагором можно считать «главным архитектором» этого «проекта».Об истории подготовки Всеправославного собора и его значении для Православия лучше всех написал преп. Иустин (Попович)
в своей работе«Вопрос подготовки и созыва нового Вселенского собора Православной церкви не нов и не из последних в нашем веке истории Церкви. Этот вопрос был уже поставлен при жизни несчастного патриарха Константинопольского Мелетия Метаксакиса, известного тщеславного модерниста и реформатора, создателя раскола в Православии на его так называемом «Всеправославном конгрессе» в Константинополе в 1923 году… Позже, в 1930 году, в монастыре Вато-педе состоялась так называемая «Подготовительная комиссия православных церквей». Она определила «каталог тем будущего православного Просинода» который в дальнейшем должен был привести к созыву Вселенского собора.
После Второй мировой войны пришёл черёд Константинопольского патриарха Афинагора с его Родосскими Всеправославными конференциями (опять исключительно на территории Константинопольской патриархии). Первая из них, в 1961 году, вызывала подготовку Всеправославного собора с тем, чтобы сначала был созван «Просинод», и подтвердила заранее подготовленный Константинополем «каталог тем» для «Просинода»: 8 крупных глав, около сорока главных тем и вдвое больше параграфов и подпараграфов. После II и III «Родосских конференций» (1963 и 1964 гг.) в 1966 году состоялась Белградская конференция. Сначала она была названа «Четвёртой Всеправославной конференцией»…, а затем деградирована со стороны Константинопольской патриархии до степени «Межправославной комиссии», в то время как следующая конференция, состоявшаяся на «константинопольской территории» (в «Православном центре Вселенской патриархии» в Шамбези-Женеве) в 1968 г., была провозглашена «Четвертой Всеправославной конференцией». На этой IV Конференции, очевидно, нетерпеливые её организаторы спешили сократить путь до Собора, так как из огромного Родосского каталога… они взяли только «шесть первых тем» и определили новую «процедуру» работы. Одновременно было создано новое учреждение: «Межправославная подготовительная комиссия». Она необходима для «координационных работ над темами». Кроме того, был создан «Секретариат по подготовке Собора», т. е. на самом деле назначен для этого константинопольский епископ
с пребыванием в вышеназванном центре в Женеве, в то время как предложения о принятии других православных членов в «Секретариат» были отвергнуты».