Встреча в Ватикане стала переломным моментом и в дипломатических контактах, и в положении Католической церкви в нашей стране. Поскольку она произошла после падения Берлинской стены, многие сопоставляли эти два события, говоря о «преодолении раскола между Востоком и Западом».
15 марта 1990 года было сообщено об установлении официальных отношений между СССР и Ватиканом на уровне представительств (а не посольств), хотя официальные представители были в ранге чрезвычайного и полномочного посла (Ю. Карлов) и апостольского нунция по особым поручениям (архиепископ Франческо Коласуонно). При этом, поскольку папский представитель стал обладать двойной миссией — дипломатической и религиозной, Ватикан приобрёл в его лице канал воздействия на католические епархии в нашей стране. И хотя Ю. Карлов и оправдывал эту ситуацию тем, что советская сторона приобрела больше возможностей требовать, чтобы центральные органы Римско-католической церкви по связям с католическими организациями в СССР носили открытый характер и соответствовали нормам международного права, преимущества были на стороне Св. Престола.
Последствия не заставили себя долго ждать.
Дело в том, что ещё в ноябре 1989 года Совет по делам религий при Совмине Украинской ССР объявил о начале регистрации униатских приходов, после чего так называмый «Комитет защиты Украинской католической церкви» начал насильственные захваты православных храмов. В январе 1990 года понтифик признал действительными хиротонии 10 тайно рукоположенных униатских архиереев и определил их в качестве ординарных и титулярных епископов на возрождённые униатские епархии: Львовскую, Ивано-Франковскую и Мукачёвскую.
После же установления официальных отношений роль Ватикана как покровителя униатов, вдохновившего их на разгром православных приходов, проявилась в полную силу. Выразилось это в работе Четырёхсторонней комиссии, созданной в Западной Украине для совместного поиска путей урегулирования отношений между православными и униатами. В неё вошли представители Московского патриархата, Украинского экзархата МП, УГКЦ и Католической церкви. Комиссия выработала взаимоприемлемые условия, на основании которых должно было произойти перераспределение храмов и церковного имущества, однако вскоре её работа была нарушена действиями представителей УГКЦ. 22 марта 1990 года они опубликовали заявление о том, что по согласованию с понтификом
все выработанные Комиссией материалы признаются недействительными и неправомочными. Униаты в одностороннем порядке вышли из состава Комиссии и вернулись к прежней экстремистской политике, захватывая православные храмы. Совет по делам религий в Москве уже полностью потерял контроль за религиозной обстановкой в Украине, униаты открыто взаимодействовали с сепаратистскими силами, а Ватикан им в этом потворствовал.31 марта 1991 года митрополит Иоанн Любачивский, имевший американское гражданство, прибыл в Львов и взошёл на кафедру Собора св. Юра, возобновив каноническую структуру в Украине. После этого в Западной Украине начинаются регулируемые из одного центра демонстрации униатов против православных, погромы и захваты их храмов, сопровождаемые избиением и надругательством над священниками и мирянами. В итоге на Галичине были разгромлены три православные епархии — Тернопольская, Ивано-Франковская и Львовская. В последней из 1 тысячи существовавших там приходов осталось только 40.
Как писал Ю. Карлов, РПЦ в Западной Украине «оказалась в ловушке горбачёвской формулы, согласно которой униатский вопрос должен решаться между православными и католиками, а государственные власти признают, мол, любое их решение. В своё время авторы этой формулы из Идеологического отдела ЦК КПСС и из Совета по делам религий думали, что Православная церковь будет всего лишь ширмой,
за которой разместятся истинные участники переговоров в Ватикане — партийные и государственные власти. Однако крах централизованного государственного управления оставил православных беззащитными. Им противостояла уже хорошо организованная к тому времени Униатская церковь, которая пользовалась полной поддержкой местных властей. Москва для западноукраинских православных оставалась всё дальше и дальше»[559].После принятия в октябре 1990 года закона о свободе совести и религиозных организаций общая религиозная обстановка в стране резко ухудшилась, и начали активно проявлять себя центробежные тенденции внутри РПЦ. Украинской православной церкви (как стали называть теперь Украинский экзархат) под давлением обстоятельств были предоставлены независимость и самостоятельность в управлении своими делами при сохранении канонических связей с МП. Уже после распада СССР произошёл раскол УПЦ МП и образование УПЦ Киевского патриархата и активизировалась возобновившая легальную деятельность Украинская автокефальная православная церковь, оторвавшая от РПЦ более тысячи приходов.