Во-первых, с изменением положения РПЦ здесь началась автономная религиозно-политическая активность, в результате которой была проведена серия административных реформ. Как показал отец Павел Адельгейм в своей книге
Устав 1917 года определял, что в РПЦ высшая власть — законодательная, административная, судебная и контролирующая — принадлежат Поместному собору, периодически, в определённые сроки созываемые, в составе епископов, клириков и мирян. Положение 1945 года и Устав 1988 года исключили «контролирующую» власть из компетенции Поместного собора, никому её не передав. Наконец, Устав 2000 года исключил из компетенции Поместного собора, кроме «контролирующей», уже «законодательную», «административную» и «судебную» власть, оставляя ему «высшую власть» в области вероучения и канонического устроения. Высшая «законодательная и судебная» власть была передана Архиерейскому собору, а «исполнительная» — патриарху и Синоду. Таким образом, это открыло путь к сосредоточению полноты церковной власти в руках архиерейской корпорации. Существенные перемены произошли и в положении церковной общины. Приходской устав 1917 года называл мирян «прихожанами» и наделил их каноническим статусом в сфере деятельности общины конкретного храма. А согласно Уставу 1988 года, для прихожан не предусмотрено никаких прав; это бесправное положение в приходе приводит к тому, что они остаются невостребованными храмовой жизнью и лишены участия в обсуждении проблем приходской жизни. Но в итоге это касается не только приходской, но и общецерковной жизни, когда миряне не имеют возможности высказывать свою позицию относительно «межхристианского диалога».
Интересен и тот факт, что в Уставе 1988 г. было отражено, что термины «Московский патриархат» и «Московская патриархия», до этого взимозаменяемые, теперь приобрели разное значение. Московская патриархия — это каноническое подразделение РПЦ, которое объединяет структуры, непосредственно руководимые патриархом, в то время, как Московский патриархат является другим официальным названием РПЦ. При этом являясь подразделением РПЦ, Московская патриархия как религиозная организация зарегистрирована в качестве юридического лица, сведения о котором внесены в Единый государственный реестр юридических лиц.
Во-вторых, в условиях новой, открытой внешней политики российского руководства окрепли позиции «экуменической партии» в Московской патриархии — сотрудников Отдела внешних церковных сношений, во главе которого в 1989 году стал митрополит Смоленский и Калининградский Кирилл (Гундяев). При нём произошли качественные изменения в структуре и деятельности ОВЦС, возросла его роль в «диалоге» с государственной властью, расширились контакты с различными политическими, общественными и прочими организациями. Спектр его ответственности был крайне широк, и он всё активнее вторгался в различные области взаимосвязи с внешним миром. В 1997 году в ОВЦС была проведена реорганизация управления по ватиканской модели, в результате которой появились Секретариат по межправославным отношениям, по взаимоотношениям Церкви и общества, наконец, по межхристианским связям, секторы зарубежных учреждений и прочее. Показательно, что именно ОВЦС организовал процесс выработки
О серьёзной смене ориентиров, произошедшей в церковной политике ОВЦС, свидетельствовало установление крайне тёплых отношений с иудаизмом. А иудаизм уже в последние годы правления М. Горбачёва настолько укрепил свои позиции в России, что в январе 1990 года хасиды получили от главы государства разрешение провести первое в истории «иудейское богослужение» в Московском Кремле. Здесь присутствовали главные раввины Англии, Румынии и другие участники прошедшего накануне международного форума в защиту природы, а воглавил его главный раввин нью-йоркской синагоги «Парк Ист» Артур Шнайер. При Б.Н. Ельцине влияние иудейских организаций ещё более усилилось, что ярко проявилось в том, как проходила кампания с требованием передачи хасидам рукописей библиотеки Шнеерсона из фондов Государственной библиотеки им. В.И. Ленина, организованная зятем и духовным наследником 6-го Любавического ребе Менахемом Шнеерсоном.