Таким образом, документ заключал в себе серьёзные уступки католикам. Уравняв
Православие с католичеством и нигде не упомянув об их вероучительных расхождениях, оно утвердило ложное «сестринское богословие», признающее католицизм Церковью в полном смысле этого слова, что означало отказ от учения авторитетных святых отцов и соборов, в то время как Католическая церковь ничем не пожертвовала, так как она осталась верна экклесиологии Второго Ватиканского собора, признавшего за Православием действительность таинств и апостольское преемство. Формально отвергнув унию как насильственный способ окатоличивания, соглашение предложило другой, более мягкий и скрытый, соответствующий постконфронтационному периоду «диалога». Он основывается на сокрытии истинной сущности современного католичества и экуменизма и подмены её ложной. А это позволяет поглощать Православие через разложение его изнутри путём воспитания массы экуменически-прокатолических священнослужителей, катехизаторов и широкой массы мирян, опираясь на сокрытие истинной сущности современного католичества и экуменизма и подмены её ложной. Что касается униатских общин, то документ не только признал их в качестве католического сообщества, но придал им ещё большие права на свою деятельность. Более того, он узаконил продвижение Ватикана на Восток путём создания новых структур. В силу этого, опираясь на «православных» экуменистов и на греко-католиков Западной Украины, ставших требовать от православных предоставления им оставшихся храмов и захватывать их при поддержке властей, Ватикан значительно расширил своё официальное присутствие в Украине и в России.Важно отметить, что Баламандское соглашение было подписано Жиляевым в тайне,
и текст его был публикован только в 1995 году. Так что, когда в 1994 году собрался Архиерейский собор, владыки одобрили этот документ, так и не ознакомившись с его содержанием. И только на Архиерейском соборе 1997 года было определено: «Ввиду дискуссии, возникшей на Соборе вокруг значения Баламандского соглашения, передать последнее на изучение Синодальной богословской комиссии и поручить Священному синоду выразить отношение к этому документу». Однако собравшаяся не в полном составе богословская комиссия не нашла ничего опасного в новой Унии с папистами.В итоге соглашение не вступило в силу из-за отказа Иоанна Павла II его утвердить, но оно показало готовность руководства РПЦ идти на уступки. Такая наступательность со стороны католиков и уступчивость со стороны РПЦ имела серьёзные последствия.
В 1997 году был впервые поставлен вопрос о встрече папы и Московского патриарха Алексия II. Её запланировали провести для обсуждения существующих проблем во время II Европейской межхристианской ассамблеи в Граце (Австрия). Помешало этому только то, что в процессе подготовки общей декларации из текста по настоянию папы были удалены фразы об осуждении прозелитизма и униатства. О том, что эта тема была поднята не без влияния российских властей, свидетельствует заявление самого патриарха Алексия II в 2000 году: «Я знаю обо всех предложениях по этому поводу и в том числе о том, что премьер-министр Касьянов договаривался с Иоанном Павлом II о возможной встрече, и не исключено, что рано или поздно мы действительно побеседуем с папой». Главными препятствиями для встречи патриарх назвал прозелитизм и нежелание Ватикана осудить действия украинских греко-католиков. С тех пор решение этих двух проблем стало главным условием для возможной встречи.
Так произошли мутация взглядов и изменение позиции руководства РПЦ: встречу признали возможной вопреки еретическим взглядам понтифика, поэтому вопрос о богословских противоречиях не поднимался, и никто не напомнил, что прозелитизм — это сама сущность католицизма. Так что опыт неформальной унии 1965 года не прошел даром.
Чувствуя за собой силу, понтифик предпринял очередные «миротворческие» шаги. В июне 2001 года он посетил независимую Украину с т. н. «государственным визитом» по приглашению тогдашнего президента Украины Л. Кучмы. Это был первый в истории визит папы римского на русскую землю. Он состоялся вопреки многотысячным протестам православных верующих. В ходе этого визита папа не только побывал в Киеве и Львове, но и провёл богослужения в этих городах, что явно выходило за рамки задекларированного властью «государственного визита».