Не создавались предпосылки для формирования финансовой инфраструктуры: денежного рынка, рынка капиталов, ценных бумаг, валютного рынка. Сохранилось принудительное прикрепление к банкам корпоративной клиентуры. Возросло управленческое звено банковской системы на уровне области, края и автономной республики.
Поскольку реорганизация проводилась в пределах имевшейся штатной численности учреждений Госбанка, возник острый дефицит кадров на уровне отделений, которые и без того были перегружены работой. Скорость прохождения платежных документов значительно замедлились. Резко возросли остатки невыясненных сумм, существенно увеличилось время обработки данных и составления сводного баланса как по каждому из специализированных банков, так и по банковской системе в целом. Как вспоминают ветераны банковской службы «сводить платежные документы было очень трудно, а не исполнить – невозможно». В здание Промстройбанка СССР на Тверском бульваре приезжали разгребать завалы из коробок с документами целые бригады работников областного звена со всех союзных республик.
Работа специализированных банков стала приходить в противоречие с нарождающимися рыночными отношениями, чему в значительной степени способствовала меняющаяся ситуация в стране, ибо партия и правительство провозгласило право предприятий самостоятельно решать все хозяйственные вопросы. Происходило массовое образование кооперативов, чаще всего путем выделения на самостоятельный баланс структурных подразделений крупных государственных предприятий и строительных организаций. Перестройка экономики сопровождалась ликвидацией системы материально-технического снабжения, что привело к созданию обширной сети посреднических и торговых предприятий (одних только товарно-сырьевых бирж к 1991 году насчитывалось более 500).
В качестве позитивных результатов банковской реформы 1988 года можно назвать прекращение кредитования убытков и сверхплановых запасов товарно-материальных ценностей, а также выдачи предприятиям и колхозам кредитов на восполнение утраченных оборотных средств. Изъятия излишних безналичных денежных средств (платежных и кредитных) из хозяйственного оборота было приостановлено, а собственные оборотные средства предприятий и колхозов увеличились до 30–50 % от потребности. Высвободившиеся краткосрочные кредитные ресурсы в размере свыше 75 млрд. руб. были направлены на финансирование неотложных государственных нужд.
После XIX партконференции (июнь 1988 г.) в партийно-хозяйственной элите страны начинает углубляться раскол по вопросу о степени допуска в экономические отношения «несоциалистических элементов». Консервативное крыло номенклатуры выступало за ограничение масштабов перестройки, сохранение основ социалистического планового хозяйства и административных принципов регулирования денежно-кредитных отношений. Демократическое крыло, вдохновляемое либерально-рыночными идеями, требовало доведения перестройки до полного крушения «административно-командной системы».
М. С. Горбачев и его окружение пыталось проводить центристскую политику, допускало бесконечные колебания и зигзаги, теряя при этом политическую инициативу. Поддерживавшие Горбачева ученые-экономисты (Л. И. Абалкин, Н. Я. Петраков, Г. Я. Явлинский, С. С. Шаталин) отстаивали идеи, которые тяготели к концепциям западной социал-демократии, что никак не устраивало ни ортодоксальных коммунистов, ни радикальных либералов. Хотя симптомы кризиса были уже налицо (дефицит импортных товаров, снижение темпов производства, неформальные общественные движения), самого кризиса пока еще не было, как не было самих признаков политических потрясений. Была эйфория от достигнутого уровня интеллектуальной и гражданской свободы, которая препятствовала взвешенному подходу к решению вопросов экономической реформы, особенно в такой важной сфере, как кредит и денежное обращение.
31 марта 1989 года Совет Министров СССР принимает постановление № 280 «О переводе специализированных банков СССР на полный хозяйственный расчет и самофинансирование». Для оценки причин провала экономической реформы Горбачева – Рыжкова, это – знаковый документ. Он положил начало коммерциализации деятельности всех учреждений банков, составлявших банковскую систему СССР, хотя и не смог сделать эту систему по-настоящему рыночной. Впервые в СССР одной из основных целей банковской деятельности было названо получение прибыли (дохода), как обобщающего показателя «эффективности работы и главный источник укрепления и развития банковских учреждений, социального развития и материального стимулирования их коллективов».