Болезнь не всегда появлялась в известной для врачей клинической форме. Иногда появлялась лихорадка с бубонами, но без петехий; иногда петехии без бубонов; в иных случаях наблюдались пузырьки, наполненные жидкостью (возможно, эти симптомы вообще к чуме отношения не имели, либо речь шла о кожной форме болезни); глаза заболевшего мутные, язык густо покрыт белым налетом; наблюдались поносы и рвота; кровотечения из носа и рта, бред. Иногда смерть наступала очень быстро
Летом эпидемия несколько утихла, но в августе возобновилась с новой силой, особенно в отряде, осаждавшем Журжу. Во время отправки больных солдат из лагеря, у них наблюдалась только лихорадка, чумы никто не подозревал. По прибытии в Бухарестский военный госпиталь, у солдат появились карбункулы и бубоны. Чума появилась в соседних с Бухарестом деревнях, к осени ею было уже поражено более 30 населенных пунктов.
Для борьбы с эпидемией устроили чумные госпитали и карантины, в деревни назначили врачей и военных чиновников для наблюдения за исполнением всех предписываемых правил.
Многочисленные заболевания среди русских войск сильно встревожили командование, которое решило, что виной всему плохая работа врачей. Поэтому первая противочумная комиссия была распущена и на ее месте создана «Верховная противочумная комиссия», состоявшая исключительно из генералов и полковников.
Комиссия начала свою деятельность с того, что объявила виной всему невежество военных врачей, что «на их место следует поставить гражданских врачей» и т. п. Главным врачам и смотрителям госпиталей объявлялось, что если в лазарете или госпитале появится чума, то их отдадут под суд.
Чума продолжалась, и по возвращении части войск на зимние квартиры в Молдавию, она обнаружилась в Фокшанах, в Яссах и проникла даже в деревню Сатурново Бессарабской губернии. Тогда совершилось нечто совершенно невероятное; заседавшая в Яссах особая противочумная комиссия стала сомневаться, действительно ли болезнь, против распространения которой так долго и безуспешно боролись, была чумой. В комиссию явился какой-то молдавский боярин, предложивший лечить чуму вином, икрой и луком, и предложение его оказалось принято! Было предписано давать больным в военном госпитале ежедневно 1,5 фунта молдавского вина, 0,25 фунта икры и 0,33 фунта луку! Один из членов ясской комиссии, очень заслуженный врач, доктор И конников, положивший немало трудов в борьбе с чумой и сделавшийся, наконец, жертвой этой болезни, высказался неодобрительно о таком назначении и за это был удален из комиссии и заменен более покладистым доктором Геслингом. Когда из бухарестской верховной комиссии в ясскую комиссию прибыло уведомление о предстоящем прибытии инвалидов, заразившихся на пути чумой, навстречу инвалидам был выслан чиновник, который, осмотрев больных, решил, что они страдают не чумой. Бубоны у них зависят от венерической болезни, плохого питания, сырого климата и тяжелого похода, и это мнение чиновника было принято ясской комиссией. Вскоре начались разные послабления на карантинной линии на Пруте, и путешественников стали пропускать в Россию, довольствуясь простым окуриванием их. В это время упомянутый чиновник выразил свой «взгляд на чуму и ея пресечение» в особой брошюре, которая доктором Геслингом и комиссией была разослана врачам в армию! Одновременно появилось другое наставление, составленное одним из членов ясской комиссии, молдаванским агою, который советовал в самом начале болезни назначить свежевыжатый сок из лошадиного помета в количестве 40—100 драхм, а за неимением тако-иого, такое же количество деревянного масла. Председатель ясской ко миссии герой войны 1812 г., генерал-майор С.И. Маевский (1779–1848), также пустился в рассуждения о чуме и решил, что наблюдавшаяся болезнь не чума и все предложенные врачами меры против эпидемии — ерунда.
Пока должностные лица в Яссах благодушно пили молдавское вино, закусывали его луком, пассионарный доктор Шлегель продолжал самостоятельно бороться с эпидемией чумы в окрестностях Бухареста. Он произвел «очищение» в 61 деревне и, по предписанию генерала Рота, принял меры против появления чумы в Базарджике и в Варне, велев с этой целью прекратить всякое сообщение между Гирсовом и этими городами. В Базарджике он созвал противочумную комиссию, а Варне ввел еженедельные осмотры жителей и войск. Противоречия в действиях санитарной администрации продолжались. В течение всего похода 1828 г. чума отрицалась, но одновременно с ней боролись.
В начале 1829 г. эпидемия обманчиво затихла, в феврале выявлено наименьшее число больных чумой в войсках. Во время похода 1828 г. от чумы погибло много врачей, и их пришлось срочно заменять молодыми врачами, выпущенными из университетов и академий раньше установленного срока, а также иностранцами, ни слова не знавшими по-русски.