Кроме чумы, в армии было много больных с «перемежающейся ли хорадкой», дизентерией и другими болезнями. Ежемесячное число больных в госпиталях и в войсковых лазаретах с мая 1828 г. по май 1829 г., при средней численности армии в 144060 человек, составляло 34 916 больных, а умирало иногда по 3030 человек.
Бессильная бороться против эпидемий, часть военно-медицинской администрации пошла по следам ясской противочумной комиссии. Назначенный в феврале 1829 г. новый генерал-штаб-доктор Витт начал с того, что стал отрицать существование чумы. Затрудняясь дать «этой болезни настоящее систематическое название», Витт придумывал для нее мудреные наименования, вроде «нервно-тифозной и чумоподобной лихорадки», а в выпущенной через несколько лет книге он писал: «Описываемую здесь южную эпидемическую тифозную горячку, или так называемую Валахскую язву, нельзя назвать ни восточной чумой, ни другой какой-либо новой болезнью; но она в этом крае есть обыкновенная, от эпидемических и местных причин зависящая язва».
Но то же время он не отрицал ее заразительность, но она, по его мнению, «…была условна, подобно заразительности других эпидемичес ких горячек, как-то: госпитальной, тюремной, корабельной и проч…» Подобное мнение генерал-штаб-доктора русской армии отнюдь не способствовало успешной борьбе с чумой на театре военных действий.
Начался чумной апокалипсис. В середине мая 1829 г. эпидемии вспыхнули в Варне, Галаце, Браилове, Черноводах, Каларзшах, Баба-даге, Кюстенджи, Мангами, Базарджике и Каварне. В июне чума внош. появилась в Бессарабии. Количество больных непрерывно росло. В мае 1829 г. в госпиталях и войсках было 50689 больных, в июне — 55 856, п июле — 64 646, в августе — 89 017, в сентябре — 93 607 человек.
В Варне находились резервы, запасные склады и цейхгаузы всей русской армии. Больных чумой еще в мае вывезли из города и разместили в палатках на берегу моря. Со временем там образовался целый лагерь. В июне все городские госпитали были эвакуированы, больные находились в палатках за городом. Затем вывели всех жителей из города, указав им места для поселения в поле и лесу, а город заперли. It июне и до средины июля был разгар эпидемии: на улицах, в канавах, на полях — везде валялись трупы и умирающие. Из госпиталя трупы вывозились возами, «как дрова». Постепенно смертность стала сни жаться. В конце августа поступило в лазарет мало больных с «явными симптомами чумы», в сентябре эпидемия прекратилась. С 5 июня по 26 августа в Варне поступило в госпиталя больных с явными симптомами чумы 5170 человек, из них погибли 3932 человека. Из 41 врача заразились чумой 28, из них погибли 20 человек.
В некоторых местах чума лютовала с такой силой, что умирали не только все больные, но и все врачи и остальной госпитальный персонал, не оставалось никого, кто бы сообщил «по команде» об исходе эпидемии. Трагедия разыгралась в военном госпитале в Кюстенджи. 1 мая 1829 г. по 1 апреля 1830 г. там находилось 1727 больных, из которых умерло 1342 человека. Несколько раз приходилось полностью менять персонал госпиталя из-за его гибели.
Средняя смертность от болезней в армии составляла с мая 1829 г. по апрель 1830 г. 43,4 на каждую 1 тыс. человек среднесписочного состава в месяц. В качестве примера мероприятий, которые тогда считали нужным проводить в военных гарнизонах при появлении чумы, приведем перечень мероприятий, рекомендованных доктором Н.Я. Чернобаевым при появлении болезни в крепости Кюстенджи: 1) вывести здоровых людей гарнизона в поле; 2) в госпитале служителей одеть в предохранительное платье, пропитанное дегтем; 3) отделить в госпитале те палаты, в которых больные уже имели признаки чумы, приставив к ним караул; 4) прекратить частый перевод больных из одного отделения госпиталя в другое, смотря по роду болезни; 5) при подозрении на чуму людей выводить в редут; 6) отделить тяжелобольных от вновь поступающих.
Вместе с наступающими войсками, и не обращая внимание на карантины и очищения, чума «перевалила» через Балканские горы, и в сентябре появилась в Айдосе, а в октябре — в войсках, стоящих вокруг Адрианополя. В декабре здесь умирало от чумы ежедневно по 50–60 и даже по 70 человек. И з 4700 больных чумой, бывших в госпитале, осталось в живых 1200, а из охраняющего его батальона — только одна треть состава. Умерло 8 врачей, в том числе и главный врач. Чума появилась и среди гражданского населения Адрианополя. Война закончилась в сентябре 1829 г., но русские войска оставались в Европейской Турции до июля 1830 г. В марте — апреле 1830 г. эпидемия чумы среди русских войск начала стихать, и ко времени ухода их с Балкан фиксировались лишь единичные заболевания.