Семена свободомыслия, посеянные во времена Ренессанса, не сгнили в земле в годы контрреформации и постепенно начали прорастать. Именно в эпоху барокко наука смогла оторваться от теологии, и это помогло ей в исторически очень короткий промежуток времени достичь весьма значительных результатов. После Колумба и Магеллана европейцы продолжали открывать все новые и новые земли, осваивать неведомые пространства, знакомясь с неизвестными им, но давно уже существующими цивилизациями. Карта мира конца XVII века очень похожа на современную (только без Австралии). Потребности мореплавания стимулировали развитие астрономии, физики и математики, которые не имели прежде столь важного прикладного значения. Отвергнутая церковью гелиоцентрическая концепция Коперника нашла свое подтверждение и уточнение в трудах Кеплера, Галилея, Гука и Ньютона. То, что церковь осудила научные поиски Галилея, лишь укрепило ученых в их желании стать независимыми от претензий теологов на арбитраж в научных спорах. В частности, факт осуждения Галилея очень сильно повлиял на Рене Декарта и в немалой степени способствовал радикальным переменам в его мировоззрении. Через три года после вынужденного отречения Галилея Декарт написал свои знаменитые «Размышления о методе», которые стали поворотным пунктом в развитии философии.
Впрочем, принципиально важные философские труды, способствующие освобождению науки от церковного влияния, появились еще до выхода в свет книги Декарта. Речь идет прежде всего об «Опытах» и «Новом Органоне» Фрэнсиса Бэкона. Автор этих произведений отвергал как аристотелево увлечение дедукцией, так и платоновские абстракции. Теологию, убеждал своих читателей Бэкон, обязательно следует отделить от науки. Важнейшим (по сути, единственным) методом научного познания должен стать опыт, а критерием его ценности – практическая польза. Надо заметить, что на образованных современников Бэкона его учение оказало колоссальное влияние. Практическая польза от освободившейся из-под контроля церкви науки стала очевидной почти сразу же.
Впрочем, у эмпириков были и весьма авторитетные противники. Еще до «Опытов» Бэкона были опубликованы «Опыты» Мишеля Монтеня. В своей книге Монтень весьма скептически высказывался о возможностях человека и его разума: «Не смешно ли, что это ничтожное и жалкое создание, которое не в силах даже управлять собой и предоставлено ударам всех случайностей, объявляет себя властелином и владыкой Вселенной, малейшей частицы которой оно даже не в силах познать, не то что повелевать ею!»
Блез Паскаль, с одной стороны, продолжает мысль Монтеня о ничтожестве человека в сравнении с Богом, но, с другой, ему же и возражает: «Человек не просто тростник, слабое порождение природы: он мыслящий тростник». Человек, по мнению Паскаля, не только ничтожен, но и велик. Его величие заключается в том, что он «признается в своем ничтожестве», способен оценивать свое поведение и быть милосердным. «Что такое человек? – спрашивает Паскаль и отвечает: – Относительно бесконечного – ничто, и все – в сравнении с ничем, а значит, нечто среднее между всем и ничем».
Скепсис был характерен и для раннего Декарта. Он подверг сомнению все порожденные человеком идеи и пришел к выводу, что лишь одну-единственную истину невозможно опровергнуть – сам факт существования мыслящего субъекта («Cogito ergo sum»). Но так как этот факт не может произойти из ничего, Рене Декарт восстанавливает в правах Бога – как создателя мыслящего существа. Такое доказательство Божьего существования – принципиально новое слово не только в науке, но и в теологии. Ведь наличие в мире единого Бога, по мысли Декарта, постигалось человеком не путем божественного откровения, а его собственным разумением. Признание человеческим разумом Бога как совершенной и бесконечной сущности должно было сопровождаться признанием и объективной реальности, находящейся вне этого разума. Так оформляется картезианский дуализм, согласно которому все сущее делится на res cogitans (все, что связано с сознанием и духовным опытом познающего Я), то есть
Надо сказать, что в философии Декарта есть серьезное противоречие. В соответствии с аристотелевскими традициями, Декарт считал res cogitans и res extensa субстанциями или их проявлениями. Причем под субстанциями он понимал лишь те вещи, «для существования которых не нужно ничего иного, кроме них самих». И одновременно признавал, что никакая субстанция не может существовать «без участия Божьей воли». Это противоречие тут же было замечено и стало предметом острой критики, в частности, со стороны Пьера Гассенди.