Созыв соборов прекратился лишь по возвращении из Польши отца нового государя и возведении его в достоинство первого представителя православной церкви. Филарету за время его пребывания в Польше, вероятно, пришлось видеть, до какой степени власть короля ограничена там сеймом. Чтобы дать возможность сыну избежать той же участи, он, должно быть, убедил его положить конец регулярному созыву Земских Соборов. Вместо одного царя, контролируемого двумя советами — Боярской Думой и представителями различных сословий, Россия получила двух монархов. В актах того времени царь и патриарх одинаково назывались «Великими Государями». Оба судили все восходящие к ним дела и приказывали поступать так или иначе согласно с их обоюдным решением. Хотя профессор Сергеевич приписывает это совместное правление прекрасным отношениям, существовавшим между отцом-патриархом и сыном-царем, но одно это не объясняет нам причин, по которым первый представитель московского православия был призван играть преимущественную роль в отправлениях верховной власти даже впоследствии. Дело в том, что восстание 1612 года, закончившееся отступлением поляков из Москвы и возведением на престол человека истинно русского происхождения, было совершено столько же для защиты православия, сколько для сохранения национальной независимости. Настойчивые воззвания патриарха Гермогена из Москвы к причетнику Дионисию и монастырскому эконому Аврааму Палицыну, оба из Троицкой Лавры, требовавшие объединения всех национальных сил для защиты веры и отечества, привели к созданию государства, не менее проникнутого идеей своего провиденциального назначения — охранять чистые и всеобщие принципы христианства от искажения их папскими догматами, нежели идеей империи, совершенно свободной от какого бы то ни было иностранного вмешательства. По этой именно причине впоследствии, в царствование Алексея, патриарх Никон, вышедший из низших слоев народа, был поставлен на одну ногу с царем, по крайней мере в отношении внешних атрибутов верховной власти. Чрезвычайно поучительно с этой точки зрения недавно опубликованное и переведенное на русский язык описание путешествия в Россию Антиохийского патриарха Макария в XVI веке. Автора несколько раз приглашали на различные празднества, присутствуя на которых он видел, как царь Алексей подносил патриарху хлеб-соль и собольи меха. «Монарх казался слугою духовных вельмож», — говорится в этом описании. «Не удивительно ли слышать, — восклицает автор, — как царь, лично поднося эти подарки, обращается к нему с такими словами: “Твой сын, царь Алексей, кланяется твоему святейшеству и подносит тебе то-то и то-то!”». Правда, несколько лет спустя оба верховных владыки начали ссориться. На обратном пути патриарха Антиохийского нагнали царские послы и просили его вернуться назад как можно скорее: они объяснили удивленному архипастырю, что царь поссорился с Никоном и назвал его мужиком и незаконнорожденным, на что последний сказал: «Почему ты оскорбляешь меня? Ведь я твой святой отец?» Царь отказался признать за Никоном этот титул. Русские историки рассказывают, чем окончилась эта ссора и каких трудов стоило царю взять верх над своим упорным и опасным противником. Оба вынуждены были обратиться к суду восточных патриархов, которые окончательно высказались против мнимого бунтовщика, постановив, что патриарх, осмелившийся не покориться царю и изменить старые церковные статуты, должен быть лишен сана. И таким образом человек, писавшийся во всех государственных актах «Великим Государем Великой, Малой и Белой России» — тем же титулом, что и другой Великий Государь — царь, должен был кончить свои дни в монастырском уединении. Но это еще не было концом патриаршества. Еще в 1667 году иностранные патриархи объявили авторитет царя более высоким в делах политических, а патриарха — в церковных. И уже Петр Великий, желая сосредоточить в своих руках высшую власть в государстве и в церкви, отменил патриаршество, учредив вместо него высшую церковную коллегию, названную Святейшим Синодом. В настоящее время это учреждение состоит из часто сменяющихся членов высшего провинциального духовенства со светским прокурором во главе; последний назначается царской властью и пользуется правами министра.
В то время как власть патриарха в светских делах должна была уступить место царской власти, Земские Соборы сохранили при Алексее то же значение, каким они пользовались в первые годы царствования его отца. Хотя и не созываемые регулярно они тем не менее давали правительству указания почти по всем вопросам выдающейся важности, каковы война и мир, увеличение налогов и присоединение новых территорий.