Кроме Собора, царю в его правительственной и судебной деятельности помогала, в качестве постоянного совещательного утверждения, Боярская Дума.
Русские и иностранные современники одинаково свидетельствуют, что, начиная с Алексея, цари стали реже созывать думу, решая время от времени весьма важные вопросы единолично или же по совету не только членов Думы, но и людей, к этому учреждению не принадлежавших. Об этом ясно говорит англичанин Флетчер, который является, быть может, лучшим знатоком России времен Алексея. Его свидетельство подтверждается Котошихиным, который, в общем, довольно неблагосклонен к людям, составлявшим Думу. По его словам, они заседали, свесив головы и не раскрывая рта. Общая формула принятых царем решений упоминает, либо, что бояре присутствовали на дебатах, либо же, что они ответили на вопрос, предложенный царем. Что касается компетенции Думы, то она сильно менялась в зависимости от потребностей момента. В правление Михаила бояре, заседавшие в совете, призывались обыкновенно к отправлению обязанностей верховного суда. В качестве судей они не только имели совещательный голос, но и постановляли решения в отсутствие царя.С другой стороны, в правление Алексея, второго царя из дома Романовых, получила начало некоторая иерархия между различными высшими правительственными учреждениями или приказами,
и одна лишь Дума имела право заседать без царя в «золотой комнате» и решать там вопросы внутреннего управления, которых приказы не смели касаться по собственной инициативе. Эти административные вопросы обыкновенно обсуждались не всей Думой, а лишь теми из ее членов, которых царь специально назначал к участию в таких совещаниях и которые одни только и составляли расправную палату. Их ведению подлежали дела, не предусмотренные законом или же возбуждавшие сомнение в правильном его толковании. На рассмотрение этого маленького совета поступали также все вопросы, по которым не могло состояться единогласное решение членов приказа. Таким образом, в России, как и в других европейских странах, совет монарха — curia regis заключал в себе зародыши верховного суда и высшего административного учреждения. И то, и другое учреждение находились в руках русского дворянства, которое также заведывало различными приказами и таким образом направляло и разрешало самые разнообразные государственные дела. Членам того же дворянства царь поручал командование армией; последняя была составлена преимущественно по образцу феодальных войск, служба которых оплачивалась не столько деньгами, сколько дававшимися в пожизненное владение землями. Наконец, дворянам же было поручено и управление провинциями. Никто, кроме дворянина, не мог быть воеводой и, в качестве такового, добывать средства к жизни путем постоянного вымогательства различных приношений. Слово «кормление» достаточно красноречиво само по себе, и при виде воеводы, просящего у царя на кормление город или провинцию, не остается сомнения, что лихоимство законное предшествовало в русской истории лихоимству незаконному, еще и ныне распространенному.Так как дворяне, которым царь поручал заведывание административными и судебными делами своего государства, не отличались ни образованием, ни особенным вниманием к делам, то в помощь им назначались несколько главных дьяков и более или менее значительное число писцов. Сверх того, множество неофициальных писцов, неимущих грамотеев, добывали себе средства к жизни составлением частных актов, вроде прошений в суд от истца или возражений ответчика; ибо, по господствовавшей в судах того времени формалистской системе весь процесс целиком производился письменно. Когда царь желал назначить кого-либо в ту или иную специальную отрасль администрации или суда, он издавал приказ,
объявлявший, что такому-то лицу предписано впредь заниматься такими-то делами. Но так как для одного человека там бывало слишком много дела, то в помощь ему назначались два или три дворянина из низшего слоя, сверх одного или нескольких дьяков, занятых письмоводством. Различные присутственные места, созданные таким образом и известные под именем приказов, имели свой особый бюджет. Ввиду этого некоторые налоги или государственные монополии передавались исключительно тому или иному приказу.