Упорство стояния русского посольства при ставке Сигизмунда под Смоленском оправдалось. Но с этого момента оно потеряло свою легальность в глазах поляков и превратилось в заложников врага. За это время митр. Филарет, как глава посольства, вырос в героического вождя. Он отклонил требование второй присяги Владиславу. Наоборот, он требовал его перекрещивания. Не соглашался сдать Смоленск. Не признавал актов московских бояр без подписи патриарха. Не согласился остановить особым посланием Нижегородское ополчение, что аннулировало бы положительные благословения патриарха Ермогена, исходившие от него конспиративно. Поляки полгода держали русское посольство в шатрах Смоленского лагеря в холоде и голоде. В октябрьские дни 1612 года, дни окончательного изгнания поляков из Кремля, русское Смоленское посольство было арестовано, ограблено и увезено вглубь Польши, где м. Филарет был задержан на целых 8 лет. Сначала он был поселен в частном имении Сапеги, а затем переведен в крепость Мариенбург.
7 лет междупатриаршества
Некоторая дезорганизованность русской церкви, как последствие Смуты, не вдохновляла еще ни русских епископов, ни патриотические верхи нового правительства к избранию нового патриарха. Моральная роль, исповеднический плен митр. Филарета и уже заявлявшаяся им и легитимной партией боярства мысль о «Мише» Романове, останавливали и политическое и церковное мнение на кандидатуре в патриаршество высокородного м. Филарета. Посему Освященный Собор решил прибегнуть к временной выжидательной форме высшего управления русской церковью. Ближайшим соадминистратором при патриархе был, по своему положению, митрополит Крутицкий. Таковым был в это время Пафнутий. Ему и вручено было председательство в Освященном Соборе на переходное время. По смерти Пафнутия в порядке старшинства должен был бы возглавлять Освященный Собор м. Новгородский Исидор. Но он был отделен от Москвы шведской оккупацией. Следующим за ним по чести митрополитом был Ефрем Казанский. Он и возглавил церковное правительство.
В течение ближайших месяцев, по соборному сговору земских людей с боярством, соглашено было поставить и венчать царем молодого Михаила Федоровича Романова.