Процедура избрания его произошла 21-го февраля 1613 г. в неделю православия, а 11-го июля в Успенском соборе совершено было и царское венчание его митрополитом Ефремом. Митр. Ефрему принадлежала в это время полнота патриаршей роли. Так, его подпись стоит первой в ряду русских иерархов в правительственном обращении к городам: — об исполнении постановлений Земского Собора по сбору денежного и натурального обложения на содержание армии. Под самой Уложенной Грамотой об избрании на царство Михаила Федоровича Романова стоит также во главе подпись м. Ефрема. В конце этого года м. Ефрем скончался, и возглавление Освященного Собора перешло по обычному положению в руки недавно поставленного митр. Крутицкого Ионы, человека по всем признакам без широкого горизонта. По воцарении Михаила Федоровича все привыкли к мысли, что никому другому теперь неприлично быть рядом с молодым царем в звании патриарха, кроме плененного отца царя — Филарета. Переговоры с поляками об этом начались. В письме к отцу 1614 г. царь Михаил обращается к Филарету, как уже нареченному первосвятителю: «старейшему и превысочайшему священноначалием отцу отцем». В церковных молитвословиях также установлено было поминовение, наряду с царским именем, и имени «Великого Государя Филарета, митрополита Московского и всея России». Титул многозначительный. С одной стороны, Освященный Собор через это отрешил Филарета от митрополии Ростовской и присвоил ему, конечно, временно, титул «митрополита Московского и всея Руси», т. е. титул верховного главы всей Русской Церкви, как он звучал до установления патриаршества. А с другой стороны, очевидно, повелением царской власти, Филарету, как отцу царя, дан светский титул «Великого Государя» в предположении предоставляемых ему исключительных прав соучастия в актах высшей государственной власти. По византийской теократической системе это имело свои основания и смысл, как преходящее исключительное положение, неопороченное никаким даже привкусом неканонического захвата светской власти. Аналогичное положение уже было раз в истории русской церкви и государства при формальном поручении регентских прав митрополиту Алексию в малолетство Димитрия Донского. Через такое оформление междупатриарший перерыв в принципе уже кончился, и ожидали только физической возможности возврата из плена избранного патриарха. Патриаршая область в бумажном делопроизводстве управлялась именем Филарета. Вятка, например, церковно числилась за патриархом, и вот царь Михаил, жалуя несудимой грамотой Вятскую церковь святителя Николая, пишет: «а кому будет что искати на самих никольских попех и дьяконех, ино их судит отец наш и богомолец Филарет митрополит всея Русии, по священным правилам и по соборному уложению». На антиминсах этого времени в патриаршей епархии писалось так: «при благоверном царе Михаиле Федоровиче и при митрополите Филарете московском и всея России».
Государственная роль Церкви
Исключительное двойство титула и положения будущего патриарха Филарета есть только одна из типичных черт той эпохи, воплощавшей в местных русских формах восточный принцип союза Церкви и государства. Всеми принимаемое и одобряемое, как самоочевидный долг, прямое участие церкви в государственно-патриотической борьбе за восстановление замутившейся и поколебавшейся теократической св. Руси, выявлялось в многочисленных эпизодах и формах. Смута не могла быстро улечься. В Астрахани еще продолжал авантюру Заруцкий, играя на фигуре Марины с ее сыном. Теперь из Москвы вместе с царскими увещательными грамотами — туда же пишет свои послания и московский Освященный Собор, увещевая и грозя анафемой за непослушание законной власти. Северные части Новгородского, Ярославского и запад Вологодского края занимались шведскими войсками. В 1614 г. туда направляли свои увещательные послания Суздальский архиепископ Герасим и Чудовский архимандрит Авраамий. Новгородский митрополит Исидор пишет в Ярославль, убеждая осевших там казаков и атаманов идти на освобождение от шведской оккупации Тихвина. Под Смоленском и на Западе стояли еще поляки. Там в какой-то мере навязывалась населению литовско-русская уния. Освященный Собор посылал туда ряд посланий, напоминая завлеченным под покровом русского обряда в латинство русским людям о их русском происхождении, об их измене вере родителей, об их измене почитанию русских угодников: мм. Петра, Алексия, Ионы, кн. Михаила Черниговского и боярина Феодора, преподобных Сергия, Никона и мн. др. Завлеченные в унию призывались покаяться; за это им обещано разрешение греха отступничества и полная амнистия от царя.