Большинство масонских братьев навсегда позабыло дорогу в ложи и со страхом вспоминало "грехи молодости". Но часть масонов, до 25 % состава лож, ушло в глубокое подполье, отдельные масонские мастера проводили инициации считанных новичков и никоим образом не распространяли информацию о масонстве. Только немногие, из числа "просветлённых" и наиболее преданных ордену братьев высоких степеней в глубокой тайне продолжали свою деятельность. Запрещение масонства, в некоторой степени, было полезным для масонского движение, которое уже к началу 20-х годов XIX века стремилось избавиться от случайных людей в ложах, оградить ложи от заговорчества и экстремизма декабристов, поднять планку нравственности и христианских ценностей. Не помог ли сам император масонам, таким образом, "очиститься", ведь у масонских лож того времени не было реального механизма "чистки" лож. "Подполье" предохранило масонские организации от вырождения и отточило масонскую конспирацию и систему масонской взаимопомощи.
Запрещение тайных обществ больно ударило, прежде всего, по официальным масонским структурам, но на тайные работы масонов — "шотландцев" высших степеней, розенкрейцеров и мартинистов оно повлияло мало. Небольшие группы масонов — мартинистов в 10–15 "братьев" — продолжали существовать в Москве, Петербурге (возможно в Киеве) беспрерывно.
Столичные розенкрейцеры объединились вокруг тайной ложи "Теоретического градуса", во главе с Сергеем Степановичем Ланским (Великий мастер Провинциальной ложи и будущий министр внутренних дел во время подготовки Великой реформы). В своей речи на открытии ложи "Теоретического градуса" Ланской говорил о "тайных начальниках" и "невидимом капитуле", от имени которых он руководит ложей. И хотя в 1828 году, хранившиеся в ложе масонские рукописи были изъяты полицией, через месяц собрания ложи "Теоретического градуса" были возобновлены. "Капитул Феникс", объединявший масонов высоких градусов в Российской империи, несмотря на запреты, продолжал собираться до 1830 года в столице. В конце 1820-х годов, на короткое время, возобновилась тайная деятельность Великой ложи "Астреи". Тайную масонскую ложу в Москве до начала 1860-х годов возглавлял Сергей Павлович Фонвизин. В Москве до 1863 года (а возможно и до 1900 года или беспрерывно до 1918 года) проходили заседания "Теоретического градуса" масонов — розненкрейцеров.
Последнее ритуальное посвящение в ложе относится к 1850 году. И хотя некоторые исследователи подчёркивают, что "масонские встречи продолжались по 1899-й год", последним официальным масонским актом в России стал акт закрытия работ "Теоретического градуса" в 1863 году.
Из провинциальных масонских лож, действующих после запрета 1826 года до середины 1830-х известны тайные масонские ложи в Вологде, Симбирске, Иркутске, Саратове, Одессе.
Князь И. В. Долгоруков отмечал, что масонство тогда превратилось "…в общество взаимного вспомоществования и поддержки взаимной; богатые люди щедро помогали бедным. Люди влиятельные, сильные, имеющие связи, усердно покровительствовали своим собратьям" (примеры судеб Шевченко и Айвазовского). А масон Пржецловский, в своих мемуарах, пишет, что масонство составляло "…едва ли не единственную стихию движения в прозябательной жизни того времени; было едва ли не единственным центром сближения между личностями даже одинакового общественного положения". Масон С. Д. Нечаев (будущий обер-прокурор Святейшего Синода) в своих заявлениях пошел еще дальше. Он писал: "Невидимые министры, управляющие миром, прозорливее и дальновиднее обыкновенных вельмож, которые приписывают своему благоразумию сохранение общественного порядка. Есть и невидимая полиция, с которой мирская полиция есть один сколок, весьма несовершенный и часто карикатурный".
В Одессе тайная масонская ложа (возможно под тем же названием "Понт Евксинский") собирались во второй половине 20-х годов и начале 30-х годов XIX века в доме князя Барятинского, который находился тогда на самой окраине города — в Барятинском переулке. Дом Барятинского стоял на береговом обрыве над морем, на крутой известняковой скале изрытой катакомбами, где масоны хранили свои ритуальные вещи. Современники упоминают о тайных встречах масонов в этом доме. Полиция Одессы, стремясь раскрыть "масонский заговор", не раз устраивала обыски и "облавы" во время масонских "работ". Но масоны славились своей неуловимостью. Дома, где собирались ложи, были связаны с системой катакомб и подземных ходов, и масонам всегда удавалось вовремя скрыться от полиции. "Облавы" ничего не давали. Масоны, предупрежденные об облавах, "уходили сквозь землю" — через потайные подземные ходы в катакомбы.