В 40-х годах XIX века Тарас Шевченко (выкупленный из неволи масонами и, скорее всего, сам масон) стремился наладить связь с польским политическим деятелем, писателем и масоном Михаилом Чайковским (он же Садик-Паша, участник польского восстания 1830–1832 годов, член Польского демократического общества), который в Дунайских плавнях собирал казаков в поход против императора Николая I. Шевченко передал Чайковскому рукопись "Гайдамаков". Интересно, что Шевченко призывал не только к восстанию против неволи, но и к созданию просвещенного масонского правительства, желая своей Родине "дождаться Вашингтона".
Масонство продолжали пропагандировать и с помощью "наглядной агитации". Так скульпторы В. Демут-Мариновский и П. Клодт (очевидно масоны), создавая памятник Святому князю Владимиру в Киеве, поместили на нем многочисленные знаки масонского ордена — мастерки и циркули, жезлы, изображения акации, розы на кресте, зашифрованные сакральные числа.
С началом реформ императора Александра Второго в Российской империи стало заметно оживление конспиративной масонской деятельности. "Старые" масоны — общественники, типа С. С. Ланского (который стал премьер — министром империи), поддержали Великую реформу и александровскую "перестройку". Масоны участвовали в комитетах по крестьянской реформе, в разработке планов либеральных преобразований в России.
С 1856 по 1863 год русское правительство не преследовало (но официально не разрешало) существовавших тогда в России масонских лож. Сам император Александр II был посвящен в английское масонство во время поездки в Англию в бытность свою наследником престола (воспитателем императора был масон Жуковский). Полицейские меры против масонов были отменены, на "вольных каменщиков" смотрели "сквозь пальцы", а на высшие правительственные должности новый император стал назначать масонов высших градусов: Ланского, графа Лорис — Меликова, графа Панина, адмирала Беклемишева и др. В то же время подписки о не принадлежности к тайным организациям и масонству продолжали собираться у офицеров русской армии до последних лет XIX века.
В то время масонские заседания происходили в обычных частных домах у кого-либо из членов ордена. Масоны отказались и от специальных масонских одеяний и украшений (фартуков, запонов и т. д.). С внешней стороны они представляли просто дружескую группу в 7 — 10 человек, мирно беседующих за чашкой чая или рюмкой коньяка. Когда рядом не было "лишних ушей", они переходили "на ты", называли друг друга братьями, и обсуждали свои вопросы (касательно развития масонства).
Есть предположения, что в эти годы были возобновлены работы ложи "Нептун" в Петербурге (возможно, ложа "Нептун" существовала беспрерывно до 1918 г.). В начале 60-х годов XIX столетия в Москве существовал "семейный" масонский кружок потомственных масонов Арсеньевых (состоящий из членов семьи и их близких знакомых).
В Одессе в 60-е — 70-е годы XIX столетия существовали тайные ложи: "Звезда справедливости" и "Анатолийская ложа", ложа "Возрождение Прозелитского Востока" существовала в Измаиле (и, возможно, имела в своем составе и одесситов).
Ложа "Звезда справедливости" шотландского устава (была ориентированна на итальянское масонство, ложу "Великий Восток Италии") придерживалась демократической, народнической ориентации и поддерживала связь с Николаем Огаревым. Эта одесская ложа в 1874 году наладила связь с Марселем, Генуей, Румынией (В Румынии масонство развивалось во многих городах, в том числе и в Яссах и Измаиле).
В "левой" направленности ряда масонских лож в 60-е-70-е годы XIX века нет ничего необычного, ведь в те времена наиболее непримиримые "международные" революционеры: Бакунин, Кропоткин, Гарибальди, Мадзини и многие другие были масонами высших степеней.
Остается загадкой, кто же был членами ложи "Звезда справедливости". Можно предположить, что членами тайной ложи были некоторые капитаны и штурманы торговых судов РОПИТ. Именно корабли РОПИТ постоянно заходили в порты Франции, Англии и Италии, где моряки могли стать членами масонских лож.
Косвенные "улики" указывают на масонство Льва Ильича Мечникова (революционера и политического эмигранта) и его брата Илью Ильича Мечникова (известного ученого, имя которого носит Одесский университет). Лев Мечников в 60-е годы XIX в. жил в Италии, участвовал в революции, был знаком с Гарибальди, Герценом и Бакуниным, публиковался в герценовском "Колоколе". В 1863–1865 годах Лев Мечников стремится организовать транспортировку нелегального "Колокола" из Лондона — через Константинополь — в Одессу с помощью команд кораблей РОПИТ (в Одессе фиксировалось нелегальное и регулярное появление "Колокола").
Модный в 70-е годы XIX века, писатель и масон П. Д. Боборыкин в 1876 году "изобрел и пустил в оборот" слово "интеллигенция", что первоначально обозначало "передовых", "прогрессивно мыслящих" людей умственного труда. Возможно, под интеллигенцией того времени Боборыкин подразумевал прежде всего русских масонов.