В начале сентября вместо адмирала Лайона командующим Южно-Атлантической станцией был назначен вице-адмирал Рейке. Кораблей для обеспечения соответствующего охранения по-прежнему не хватало. Интенсивное судоходство и слабое охранение служили хорошей приманкой для подводных лодок. В середине ноября они потопили в районе Фритауна четыре судна. Требовались крупные силы охранения, а в базе имелся лишь шлюп и несколько противолодочных траулеров.
Ответственность за защиту морских коммуникаций в Центральной и Южной Атлантике несла также Американо-Вест-Индская военно-морская станция, командующим которой в апреле 1940 года вместо адмирала Мейрика стал адмирал Чарльз Кеннеди-Первис. В начале года эта станция получила три или четыре старых крейсера типа «С» и «D» и несколько шлюпов. С этими мизерными силами необходимо было обеспечить наблюдение за большим числом немецких торговых судов, укрывавшихся в нейтральных портах Америки, а в случае их выхода с целью прорыва блокады — перехватить их. Но уследить за всеми судами без значительного увеличения крейсерских сил было невозможно. Тем более, что после капитуляции Франции Американо-Вест-Индская станция, как и большая часть других заморских военно-морских командований, получила трудную задачу вести наблюдение за французскими боевыми кораблями в своих районах.
18 июля несколько матросов с двух английских торговых судов, потопленных замаскированным рейдером, добрались до небольшого острова в Вест-Индии. Они первыми подтвердили присутствие в Центральной Атлантике такого корабля. Командующий запретил выходы в море одиночных судов, дал указания всем конвоям держаться ближе к американскому побережью и направил все свои корабли для патрулирования в проходах между островами Вест-Индии. Через десять дней состоялся бой между вспомогательным крейсером «Алькантара» (1929 год постройки, водоизмещение 22 200 тонн, скорость 22 узла, шесть 152-мм орудий) и рейдером противника — позднее выяснилось, что это был «Тор», обозначенный англичанами как рейдер «Е». «Алькантара» получила тяжелые повреждения и была вынуждена выйти из боя. На поиски рейдера из Фритауна выслали крейсер «Дорсетшир», а из Саймонстауна — крейсер «Кумберленд», но противник умело уклонялся, и обнаружить его столь незначительными силами не удалось.
В отличие от английских вспомогательных крейсеров, в основном переоборудованных из пассажирских лайнеров, немецкие суда этого типа оборудовались из сухогрузов вместимостью от 5 до 9 тысяч регистровых тонн. Их водоизмещение колебалось в широких пределах — от 7500 до 19 000 тонн. Вооружение состояло из шести 150-мм орудий, поворотных торпедных аппаратов (одно-, двух- или трехтрубных, и в ряде случаев — одного-двух самолетов. Два последних рейдера «первой волны», «Комет» и «Корморан» несли на борту по одному торпедному катеру типа «LS».
Все эти суда имели не очень большую скорость хода, но зато обладали большой автономностью благодаря дизельным силовым установкам. Водоизмещение в большинстве случаев составляло 7000 — 8000 тонн. Они имели большой запас топлива и продовольствия, рассчитанный на длительное плавание, а также ряд искусно выполненных маскировочных приспособлений. На трубах и мачтах монтировались дальномерные приборы; устанавливались ложные трубы и грузовые стрелы, а также ложные фальшборты, палубные надстройки и ложный палубный груз; в море часто производилась перекраска этих судов.
Для продления времени активной деятельности рейдеров к ним высылались суда снабжения — танкеры и сухогрузные транспорты, которые прорывались из своих портов или выходили из нейтральных гаваней, где укрывались с начала войны. Встречи происходили в открытом океане или на рейдах отдаленных островов, где появление кораблей противника было маловероятным. Там происходила заправка топливом и пополнение всеми видами запасов. В качестве дополнительных источников пополнения запасов рейдеры использовали также захваченные суда, в особенности если это были танкеры с топливом. Суда снабжения обслуживали как боевые корабли-рейдеры противника, так и вспомогательные рейдеры, а когда на дальних коммуникациях появились немецкие подводные лодки, суда снабжения и сами рейдеры часто встречались с ними и пополняли их запасы в открытом море Поэтому борьба с рейдерами велась также и путем обнаружения и уничтожения их судов снабжения. Однако меры по уничтожению этих судов начали приносить удовлетворительные результаты лишь много месяцев спустя.
На Атлантике встречи с судами снабжения всегда происходили в открытом море, а на Тихом океане для этого обычно использовались якорные стоянки у Маршалловых, Каролинских или Марианских островов, причем все происходило с ведома японских властей. Хотя Япония старалось открыто не демонстрировать поддержку немцев, но тайно осуществляла снабжение их рейдеров и сквозь пальцы смотрела на их стоянки на своих подмандатных территориях. Другим отдаленным островом, который использовался немцами для таких же целей, являлось французское владение Кергелен в южной части Индийского океана.