«Атлантис» (рейдер «С») вышел из Киля 11 марта 1940 года и до конца месяца занимался боевой подготовкой и последними приготовлениями к рейдерству. 31 марта он покинул германские территориальные воды и направился на север вдоль норвежского побережья. В это время он выдавал себя за русское торговое судно, идущее в Мурманск. Пройдя далеко на север, он повернул на запад и 7 апреля прошел через Датский пролив, не встретив ни одного английского патрульного корабля. В следующие дни он обнаружил в Северной Атлантике несколько судов, но не атаковал их. Приказ, полученный командиром рейдера, гласил, что его основная задача — нарушать морские коммуникации внезапными появлениями на океанских просторах, а не просто топить возможно большее число судов. 7 апреля ему приказали следовать в Южную Атлантику для перехвата судов в районе между Кейптауном и Фритауном Тем самым немецкое командование хотело заставить противника ослабить силы в Северном море в самый напряженный период Норвежской кампании.
Во время перехода на юг «Атлантис» выдавал себя за японское судно. Играя эту роль, 3 мая в районе 19°53´ ю.ш. и 3°46´ в.д. потопил английское судно «Сайентист» — свою первую жертву. Затем он направился на юг для постановки минных заграждений в районе уже упоминавшегося мыса Агульяс. После этого он перешел в Индийский океан и вновь сменил маскировку. На этот раз он выдавал себя за голландский грузовой пароход.
10 июня, следуя от берегов Австралии в западном направлении, «Атлантис» внезапно атаковал и захватил норвежский танкер «Тиранна». В дальнейшем танкер с призовой командой на борту совершал плавание вместе с рейдером. В начале августа танкер отправили в один из портов Западной Франции, но его потопила английская подводная лодка «Тьюна» в районе устья реки Жиронда, уже на подходе к порту. Тем временем «Атлантис» уклонился к северу на морские пути, ведущие к Цейлону. Здесь 11 июля он захватил и потопил английское судно «Сити оф Багдад», в прошлом немецкое призовое судно. Двумя днями позже рейдер потопил еще одно английское судно, после чего вернулся на морские пути, ведущие в Австралию. В августе он потопил два судна, причем атаки (преимущественно ночью) были произведены настолько внезапно, что ни одно из этих судов не смогло передать радиосообщение об атаке.
В сентябре «Атлантис» продолжал свою пиратскую деятельность. 9 сентября в районе 22°13´ ю.ш. и 67°20´ в.д. он встретил английское судно «Этелкинг», которому удалось передать радиодонесение о появлении рейдера. Рейдер подверг «Этелкинг» интенсивному артиллерийскому обстрелу. На следующий день было захвачено другое английское судно — «Бенарти», также сообщившее о местонахождении рейдера.
Ночью 20 сентября «Атлантис» внезапно атаковал большое французское судно «Комиссар Рамель», шедшее по маршруту Фримантл — Кейптаун — Англия. После этого командир рейдера решил оставить район морских путей, ведущих в Австралию. О его присутствии в этом районе уже было известно из нескольких донесений; кроме того, в этих водах уже действовал другой вспомогательный рейдер — «Пингвин» (рейдер «F»). К этому времени «Атлантис» находился в море уже шесть месяцев, прошел примерно 32 000 миль и потопил или захватил девять судов общим тоннажем около 66 000 тонн. Командир рейдера решил на некоторое время отказаться от активной деятельности, занять выжидательную позицию в районе 22° ю.ш. и 84° в.д., а в дальнейшем выйти на подходы к Зондскому проливу между Явой и Суматрой. 22 октября рейдер захватил югославское судно «Дурмитор» и направил его в качестве приза в Итальянское Сомали.
Следующий месяц принес добычу побогаче. Были захвачены два груженых норвежских танкера — «Тедди» и «Оле Якоб». В дальнейшем оба танкера использовались для пополнения запасов топлива самого рейдера. Вскоре рейдер атаковал и потопил английское судно «Отомедон». Затем рейдер встретился с двумя захваченными норвежскими танкерами, забрал у обоих топливо, потопил «Тедди», а второй танкер — «Оле Якоб» — направил в Японию с призовой командой, в задачу которой входило отослать в Германию захваченные секретные документы.
Взяв курс на юго-запад, рейдер в начале декабря в точке с координатами 34°47´ ю.ш. и 59°55´ в.д. встретился с вспомогательным рейдером «Пингвин» и одним из судов снабжения. Передав пленных на судно снабжения, он направился к острову Кергелен для ремонта. На остров Кергелен он прибыл 14 декабря, где наскочил на мель и получил некоторые повреждения в корпусе. К этому времени он потопил или захватил 13 судов общим тоннажем около 94 000 тонн и теперь готовился к новому рейдерству.
6 апреля 1940 года в море вышло судно «Орион» (рейдер «А»). Его максимальная скорость хода не превышала 14 узлов, т. е. была меньше скорости большинства судов, которые противник использовал для решения такого рода задач.