Методы AUC отличались решительностью и крайней жестокостью. Наряду с партизанскими рейдами и терактами против левых политиков практиковались убийства сочувствующих и экспроприации земельной собственности. Уже в 1997 году Кастаньо организовал и возглавил более 20 боевых операций. Совершались также убийства коммунистических и левых политиков, профсоюзных активистов. Среди жертв Кастаньо Хиля и его боевиков – Хайме Пардо Леаль, Карлос Писсаро, Бернардо Осса, Луис Серрано, Эктор Акоста и другие. Американская администрация Билла Клинтона и тогдашнее правительство Колумбии расценивали AUC как террористическую структуру.
Карлос Кастаньо Хиль утверждал: «Возможно, кто-то полагает, что я поборник насилия и войны. Нет, я склонен к миру. Я человек терпимый. Пожалуй, даже слишком терпимый. Меня почти всегда упрекают в мягкости. Но я не могу терпимо относиться к жестоким методам трансформации страны, к разрушениям поселков, к похищениям уважаемых людей… Я с самого начала был одним из самых суровых критиков наркоторговли. По отношению к людям, которые этим занимаются, я питаю почти инстинктивное отвращение. В Пуэрто-Бояка в наши ряды вступил один наркоторговец и за год сумел все испортить. Я не буду защищать интересы наркоторговцев ни сегодня, ни завтра, никогда вообще».
Лично Карлос Кастаньо в принципе был противником наркоторговли. Однако кокаиновым бизнесом активно занимался его брат Висенте Кастаньо и некоторые другие руководители AUC.
Во главе противников Карлоса Кастаньо оказался Висенте Кастаньо. Характерно, что, охотно рассказывая журналистам о своей семье, открыто восхищаясь отцом и братом Фиделем, Карлос ни словом не упоминал о Висенте. При этом он порой отмечал, что опасается предательства.
16 апреля 2004 года Карлос Кастаньо Хиль был убит близ города Санта-Фе-де-Антьокия при невыясненных обстоятельствах. По одной из версий, убийство организовал его брат Висенте Кастаньо. Он, как и Сальваторе Манкусо, выступал против его курса на соглашение с правительством Урибе и легализацию AUC. Исполнителями убийства будто бы являлись телохранители Висенте. 4 сентября 2006 года факт смерти Карлоса Кастаньо Хиля был установлен и задокументирован. Однако Верховный суд Колумбии еще в 2007 году не считал это доказанным и сохранял в силе приговор, вынесенный в отношении Кастаньо Хиля. Он был приговорен за убийства к 28 годам и 2 месяцам тюремного заключения.
Еще в 2001 году увидела свет книга Карлоса Кастаньо Хиля «Mi confesión» («Моя исповедь»), написанная при участии журналиста Маурисио Арангурена Молины. Эту книгу сам автор откровенно назвал «признаниями палача». Карлос рассказал о своей причастности к ряду терактов и расправ, порой, по его словам, чрезмерных. Но Кастаньо однозначно заявлял, что эти действия были необходимы для спасения Колумбии от марксистов.
Он писал: «Я сражаюсь ради колумбийцев. Мои этические воззрения не приемлют убийства, но в нынешних условиях гибель людей, которых можно рассматривать в качестве гражданского населения, но которые при этом являются подрывными элементами, почти неизбежна. Я считаю, что партизана, если его невозможно задержать или если он не сдается, допустимо убить. Этим было предотвращено гораздо большее зло».
Отношение к Карлосу Кастаньо Хилю в современной Колумбии неоднозначное. Его осуждают за террор и жестокость. Но вместе с тем признается, что действия Кастаньо Хиля во многом были вынужденными и обуславливались объективной обстановкой – вооруженной борьбой и слабостью институтов Колумбийского государства. Противники обличают мафиозно-террористические методы AUC и ее роль в контрабанде наркотиков. Сторонники Карлоса Кастаньо подчеркивают его патриотизм и считают, что в противостоянии партизанам-марксистам и Медельинскому наркокартелю жестокость была неизбежна и необходима.
Всего, по данным исследования, проведенного Национальным центром исторической памяти Колумбии, 220 000 человек погибли в конфликте между 1958 и 2013 годами, большинство из них – мирные жители (177 307 человек), более пяти миллионов гражданских лиц были вынуждены покинуть свои дома в период между 1985 и 2012 годами.
Картель Кали принимал участие в «чистках» тысяч, по словам участников картеля, представителей «социального мусора» или «отбросов общества» – проституток, беспризорных детей, мелких воров, гомосексуалистов и бездомных. Группы, названные social limpieza (социальные группы чистки), просто убивали этих людей, сотнями скидывая их в реку Каука и часто оставляя записку: «Cali limpia, Cali linda» («чистый Кали, красивый Кали»). Позже эта река стала известна под названием «река смерти», и в конце концов муниципалитет едва не разорился на стоимости очистки реки от трупов и восстановления санитарного состояния. До таких преступлений Медельинский картель «колумбийского Робин Гуда» Эскобара все же никогда не опускался.