Когда статья была отослана Черткову, Толстого стали смущать некоторые резкие ее выражения. Полагаясь всецело на суд Черткова, Толстой поручил ему по его собственному усмотрению исключить то, что он найдет в статье лишним или неуместным. В письме Толстого к Черткову от 30 апреля читаем: «Как всегда, даю вам carte blanche выключать, что найдете лишним и нехорошим. Я боюсь, что слишком резко, недобро о военных, а между [тем] хочется высказать то мнение, которое имеют и должны иметь о их деятельности здравые люди» (AЧ). Вслед затем 4 мая ему же Толстой писал: «Сейчас думал о своей последней статье и вспоминал все грубые слова, которые есть в ней и которые могут оскорбить людей, сделать им больно и вызвать в них злое чувство; пожалуйста, выкиньте всё такое, наприм., слова «большей частью пьяные» в последнем прибавлении и мног. др. Пожалуйста, сделайте это, как вы умеете это делать, и не сетуйте на меня, что я всё утруждаю... Так, пожалуйста, сделайте это. Я нынче в таком духе, что особенно живо чувствую свое зло» (AЧ).
Между тем 8 мая Толстым получено было из Порт-Артура от матроса Ефима Савельевича Ивуса письмо, в котором он просил разрешить его сомнение о совместимости войны с христианской религией. В Дневнике того же числа Толстой записал: «Нынче получил письмо от матроса из Порт-Артура. Угодно ли Богу или нет, что нас начальство заставляет убивать». В тот же день Толстой написал дополнение к двенадцатой главе, в которое целиком включил письмо матроса, и в тот же день отослал его Черткову, предварив его таким обращением к адресату: «Присылаю вам еще прибавление к статье. Распорядитесь с ним как хотите. Напечатайте в статье или в отдельном письме или вовсе уничтожьте. Вот оно» (AЧ). Далее следует само прибавление (подлинник — на полулисте формата почтовой бумаги большого размера и на листке из блокнота; письмо матроса переписано на машинке, остальное рукой Толстого).
После этого Толстым сделана была еще одна, последняя вставка, относящаяся к двенадцатой главе. На отдельном листке из блокнота, отнесенном при помощи условного значка к копии, датированной 28-м апреля, Толстым написан был абзац, начинающийся словами: «Прямо словами я не могу ответить». Вставка переписана была Ю. И. Игумновой и отослана Черткову. Вставку эту, а следовательно и полное завершение работы над статьей, нужно датировать 20-м мая 1904 г., судя по следующей записи в Дневнике от этого числа: „Кое-что добавил к «Войне»“. В дальнейших записях Дневника уже не встречается упоминаний об этой статье.
Одновременно с работой над статьей шла работа и по отбору эпиграфов для первых одиннадцати глав. Большинство эпиграфов почерпнуто из книги: Jean Grave, «Guerre-Militarisme. Bibliotèque documentaire des temps nouveaux». Paris, 1902 (подробнее об источниках эпиграфов см. в примечаниях к статье). Переводил их на русский язык часто сам Толстой, но в большей части — его сотрудники, после чего Толстой исправлял переведенное.
Эпиграфы написаны на полулистах писчей бумаги на четвертушках, на полулистах почтовой бумаги большого и обычного формата, на отдельных полосах бумаги, составляющих часть четвертушки.
Этот материал — на 7 листах, исписанных сплошь рукой Толстого, и на 38 листах, написанных на пишущей машинке, рукой Д. В. Никитина, М. А. Шмидт и X. Н. Абрикосова — о исправлениями рукой Толстого.
Часть заготовленных эпиграфов, как указано было выше, по распоряжению Толстого была выпущена (из книги пророка Иеремии, из «Евангелия» от Матфея, от Луки и некоторые другие). Выпущен был и следующий эпиграф, собственноручно написанный Толстым, переписанный на пишущей машинке и исправленный автором:
— Если бы я былъ русскій царь, я бы сейчасъ заключилъ миръ на какихъ-бы то ни было условіяхъ.
— Отказались бы отъ владѣнія въ Кореѣ, отъ Манчжуріи?. Но отъ Сахалина, отъ Амура...
— Не только от Кореи, Манчжуріи.
— Васъ бы свергли съ престола.
— Чтожъ, я бы спокойно и радостно дожилъ свою жизнь частнымъ человѣкомъ и вмѣсто сознанія внутреннего противорѣчія, укоровъ совѣсти, стыда, зналъ бы, что сдѣлалъ то, что мнѣ велитъ Богъ и совѣсть.
— Но, можетъ быть, для того, чтобы васъ свергнуть съ престола, пришлось бы убить васъ?..
— Чтожъ, смерть лучше, чѣмъ сознаніе преступной жизни: я думаю, что у каждаго настоящаго человѣка должны быть такiя условія, при которыхъ онъ долженъ предпочесть смерть поступку, противному волѣ Бога. А это былъ бы такой случай.