Готовясь печатать рукопись статьи, В. Г. Чертков обратился прежде всего к Толстому о предложением выделить эпиграфы особо и напечатать их не в перемежку с главами статьи, а сразу, все подряд, в первой части брошюры, сохранив однако приурочение их к отдельным главам. Taкoe же расположение эпиграфов, какое сделано Толстым, по мнению Черткова, обрывает нить авторского рассуждения и препятствует читателю следить за развитием мысли самой статьи (AЧ). Но Толстой предпочитал печатание эпиграфов при каждой главе. 27 апреля он писал Черткову: «Эпиграфы я думаю оставить так, как есть. Я, когда читаю статьи с длинными эпиграфами, пропускаю их, а потом читаю» (AЧ). 13-го мая ему же он снова писал по этому поводу: «На помещение эпиграфов отдельно я не согласен. Мне кажется, это совсем лишает эпиграфов их значения. Жалею, что не согласен с вами, но прибавляю, что если вы сделаете всё-таки по своему, то я не очень огорчусь» (AЧ).
В. Г. Чертков оставил в неприкосновенности сделанное Толстым расположение эпиграфов и первоначально решил печатать статью без всяких отступлений от текста, установленного Толстым. 25 мая н. с. он писал Толстому: «Согласно вашему желанию я внимательно перечел последнюю главу и, кроме указанных выше слов: «большею частью пьяных» и раньше мною вам отмеченного слова «проклятые», я решительно ничего не нашел сколько-нибудь предосудительного с той точки зрения, которая вас беспокоила, и ничего такого, что можно было бы без ущерба выкинуть. Разумеется, вся статья многих возмутит, как большая часть того, что вы теперь пишете. Но этому не поможешь, выпуская отдельные выражения... Так что я ограничился бы выпуском одних только упомянутых двух мест» (АТБ).
Однако при чтении последних корректур Чертков решил исключить кое-что из статьи, что не указано было Толстым. 25 июня н. с. он писал Толстому: «Держа последние корректуры, я нашел необходимым сделать маленькие изменения, и так как было уже слишком поздно списаться с вами, то решился воспользоваться вашим данным мне вообще «carte blanche» в этом отношении, тем более, что главные изменения заключались лишь в небольших выпусках, а не в замене чего либо» (АТБ). Далее указывается шесть мест, измененных сравнительно с оригиналом статьи со ссылками на приложенный к письму сверстанный корректурный оттиск брошюры, вышедший в издании «Свободного слова» и с указанием страниц и строк, подчеркнутых Чертковым карандашом. Экземпляра этого оттиска не сохранилось, но сличение печатного текста статьи с окончательным текстом рукописи, исправленной Толстым, и без того легко помогает установить, какие сокращения сделаны были Чертковым, тем более, что им всюду указываются страницы брошюры.
Отступления статьи от рукописного оригинала, указанные самим Чертковым, сводились к следующему:
1) Эпиграфы к IV главе по ошибке помещены были не в том порядке, какой установлен был Толстым. В рукописи авторы эпиграфов следовали в таком порядке: Рише, Паскаль, Фламмарион, Патрис Ларрок. Во втором и третьем изданиях статьи нарушенный порядок в распределении эпиграфов был восстановлен.
2) В главе VIII исключены следующие два эпиграфа из Оригена:
а) «Тем, которые, не понимая нашей веры, хотят, чтобы мы взяли в руки оружие и убивали людей ради общего дела, мы можем ответить: «ваши жрецы, приставленные к вашим идолам и вашим храмам, блюдут свои руки чистыми, для того чтобы жертвы, которые они приносят вашим богам, совершались бы руками чистыми, не оскверненными кровью и убийством. Какая бы ни начиналась война, вы никогда не зачислите их в войско. Если этот обычай основан на разуме, то не гораздо ли еще разумнее то, чтобы христиане, когда другие воюют на поле сражения, вели бы войну как служители истинного бога, соблюдая свои руки чистыми от всякого осквернения, воюя своими молитвами зa того, чье оружие законно и кто царствует по правде, с тем чтобы исчезло всё то, что противно правому делу».
б) «Когда мы нашими молитвами побеждаем дьяволов, возбуждающих к войне, поощряем народы к нарушению союзов и условий мира, мы гораздо полезнее властителям, чем их воины. Мы истинно участвуем в трудах, имеющих целью общественное благо, когда к нашим молитвам и увещаниям мы присоединяем еще размышления и упражнения, научающие людей освобождению отъ похотей. Да, мы более всех других воюем за благо императора. Правда, мы не служим под его знаменами и не будем служить, если бы он и заставлял нас, но мы сражаемся за него на поле добродетели».
Кроме того, в эпиграфе