Тем же вечером Милошевич сложил с себя полномочия и признал свое поражение. Он поздравил своего преемника Воислава Коштуницу, нового президента Югославии. Эту информацию мы получили на пути в Гаагу. В тот момент я поняла, что рано или поздно Милошевич обязательно окажется у нас в руках. Я знала, что предстоит мучительный процесс выдачи, и предпочла не обращать внимания на признаки того, что Милошевич уступил только в обмен на обещание Коштуницы не выдавать его Гаагскому трибуналу. Днем раньше Коштуница, выступая по телевидению, объявил, что выступает против «экстрадиции» Милошевича, и считает Международный трибунал политическим детищем Соединенных Штатов, а не реальным международным институтом. Эти слова ясно дали понять, чего мы можем ждать от нового президента Югославии. Но прошло несколько месяцев, прежде чем я признала правоту слов моих консультантов относительно Коштуницы. Я узнала, что новый президент ведет себя так, словно не было массовых убийств в Сребренице, а в 1999 году сотни тысяч косовских албанцев не были вынуждены бежать в Албанию и Македонию. Его взгляд на мир был и остается закоснелым, догматичным и националистическим.
После возвращения в Гаагу я сделала преследование Милошевича своим главным делом. В апреле 1999 года моя предшественница Луиза Арбур спешно подписала обвинение против Милошевича, основываясь лишь на преступлениях, совершенных в Косово. Обвинения основывались на том, что Милошевич, будучи главой государства и главнокомандующим вооруженными силами, несет уголовную ответственность за действия полиции и армии в Косово, где проходили массовые этнические чистки. Сотрудники Арбур под руководством Нэнси Паттерсон и Клинта Уильямсона составили проект обвинений. Арбур работала быстро. Она хотела продемонстрировать, что трибунал (следовательно, и международные институты правосудия в целом) способен эффективно и быстро исполнять свои обязанности. Кроме того, она хотела помешать какой-либо сделке между США и другими государствами-членами НАТО и режимом Милошевича. Луиза Арбур понимала, что всем так хочется одержать победу и прекратить бомбардировки Сербии и Черногории, что подобная сделка, которая избавила бы Милошевича от преследования в обмен на вывод сербских войск из Косово, вполне возможна. Обвинения со стороны Арбур были смелым поступком. Теперь настала моя очередь продолжить ее дело.
Следователи прокурорской службы годами собирали свидетельские показания и вещественные доказательства преступлений, совершенных в Хорватии и Боснии и Герцеговине. Вскоре после моего назначения в трибунал по бывшей Югославии осенью 1999 года я приказала собрать дополнительные доказательства участия Милошевича в преступлениях, совершенных в Косово, а также его связи с трагическими событиями в Хорватии и Боснии и Герцеговине. Летом 2000 года я собрала юристов и следователей, работавших над делом Милошевича, чтобы узнать, как складывается ситуация. К своему удивлению, я узнала, что следствие достигло значительного прогресса в доказательстве причастности Милошевича и других высокопоставленных военных к преступлениям в Хорватии и Боснии. Самые убедительные доказательства трибунал получил от ряда неизвестных свидетелей, чья беспристрастность была более чем сомнительна, а также из записей радио и телефонных переговоров между сербскими военными и полицией, сделанных боснийскими военными и разведкой во время войны. В то время трибунал не имел ни одного заслуживающего полного доверия свидетеля против Милошевича. Многие из перехваченных переговоров так и оставались неизученными. Тот факт, что следователи трибунала не могли попасть в Сербию, пребывающую под полным контролем Милошевича, мешал нам собирать доказательства его вины. Я это понимала. Но власти в Белграде по-прежнему отказывались предоставить нам документы, расписания встреч и другие доказательства вины диктатора в военных преступлениях. Впрочем, все это не меняло ситуации. Приказы, которые я отдала еще в 1999 году, почти полностью игнорировались. Я всегда считала, что должна ставить цели, а мои подчиненные, в данном случае квалифицированные юристы и в особенности следователи, добивались Их так, как считали нужным и возможным. Может быть, мне следовало проявить большую настойчивость. Может быть, нужно было чаще требовать отчетов. Я не могла смириться с тем, что свидетельств связи Белграда с насилием в Хорватии и Боснии не существует. Сообщения журналистов явно показывали, что Милошевич несет ответственность за преступления в обеих республиках. Эти события требовали расследования, и я была преисполнена решимости довести дело до конца.