Самой значительной фигурой среди японских шпионов был старый китаец Лин. Он долгое время успешно работал на японскую разведку. Контейнером для переноски шпионских сведений ему служили золотые зубы. Как правило, Лин записывал добытую информацию и рисовал схемы местности с помощью лупы на маленьких кусочках пергамента, а затем скатывал их в шарики размером с булавочную головку и вкладывал в один из зубов, который потом заделывал воском. Он был пойман во время неожиданной облавы в осажденном городе. Содержимое его вставных зубов было обнаружено совершенно случайно. Лин понес наказание по законам военного времени.
Много японских шпионов оказалось среди переводчиков — китайцев и корейцев, работавших в порт-артурской администрации и вольнонаемными в гарнизоне. 18 сентября 1904 г. российский министр внутренних дел князь Святополк-Мирский доверительно информировал наместника на Дальнем Востоке адмирала Алексеева о следующем: «Пребывающий в Санкт-Петербурге корейский посланник уведомил, что ему доподлинно известно, будто бы подкупленные Японией корейцы и переодетые в корейские платья японцы занимаются разведками в пределах империи и в местах расположения наших войск на Дальнем Востоке; при этом названный посланник высказал, что, в видах предупреждения злонамеренных замыслов означенных лиц, было бы, быть может, целесообразным направлять для определения их личности подозрительных корейцев во Владивосток к начальству корейской общины в этом городе, заслуживающему, по мнению посланника, полного доверия».
Порт-артурская контрразведка проделала определенную работу по повышению бдительности среди гражданского населения, солдат, офицеров, матросов и особенно пограничных стражников. Это во многом ослабило разведывательный потенциал противника. Однако все же следует признать, что эффективность деятельности японских шпионов и кадровых разведчиков в Порт-Артуре и Маньчжурии оказалась достаточно высокой. Во время войны на российском Дальнем Востоке, и в частности в Порт-Артуре, оказалось большое число авантюристов, спекулянтов, жуликов и просто проходимцев, которые слетелись сюда в расчете на легкое обогащение. «Тут были и бывшие сахалинцы, отбывшие свои сроки наказания, беглые каторжники, проживавшие по чужим или поддельным документам, тут были и евреи, кавказцы, греки, турки, армяне, немцы, французы, англичане и другие народности, которые занялись всевозможными делами и не брезговали никакими средствами для своей наживы… Из Шанхая, Тяньцзиня через Инкоу и Синминтин к нам легко проникал контингент людей самых неблагонадежных, и неудивительно, что среди этих иностранцев-авантюристов было и немало японских шпионов», — писал заведующий жандармско-полицейским надзором Маньчжурской армии Отдельного корпуса жандармов подполковник Шершов. Из этого криминального и полукриминального элемента японская разведка вербовала кадры шпионов и диверсантов.
Высшее японское командование понимало, что без уничтожения русского Тихоокеанского флота невозможно решить исход Русско-японской войны. Наличие боеспособной русской эскадры было серьезным препятствием для развертывания сухопутной японской армии, массовой высадки японского десанта и перенесения активных военных действий на материк, в Маньчжурию. Между тем попытка блокировать на внутреннем рейде порт-артурскую эскадру с помощью брандеров и минных постановок не удалась. После того как командование эскадрой принял энергичный и талантливый флотоводец С. О. Макаров, задача разгромить и уничтожить ее в морском сражении представлялась весьма проблематичной. Оставался чисто самурайский путь, не требующий большого напряжения сил и средств. Было решено убрать командующего русским Тихоокеанским флотом. Однако С. О. Макаров проводил практически все время на кораблях эскадры, и совершить террористический акт силами многочисленной японской агентуры во время короткого пребывания его в Порт-Артуре было практически невозможным. Оставался единственный путь — уничтожить командующего русским флотом вместе с флагманским кораблем. Физическое устранение наиболее талантливых полководцев и офицеров противника входило в стратегию и тактику войны японского Генерального штаба.