В 1636 г. только что назначенный таможенный агент по имени Кирога с особой тщательностью проверял манильские галеоны с целью выяснить, перевозят ли торговцы Манилы какие-либо грузы помимо зарегистрированных. Недовольные торговцы, нарушавшие правила, отплатили тем, что отказались предоставлять декларации о перевозимых грузах. Документы подтверждают наличие на корабле тайного груза. По данным хроникера Казимира Диаса, жадность губернатора Коркуэра была безгранична. Среди 59 обвинений, выдвинутых против него во время официального расследования в 1644 г., было и такое, что губернатор обычно отправлял на галеонах, в том числе и на «Консепсьон», лично награбленное добро — изделия из золота и драгоценных камней, полученные в качестве взяток за особое покровительство и назначения на должности.
Коркуэра также обвинялся в назначении своего племянника Дона Хуана Франсиско капитаном корабля, чтобы он и присматривал за награбленным добром губернатора. По словам обвинителя, именно это привело к потере корабля, а через несколько дней команда корабля потеряла к капитану всякое уважение и перестала ему подчиняться. На галеоне поднялся мятеж, во время которого многие были убиты и ранены. Управление кораблем было заброшено в то время когда поднялся шторм. Поскольку паруса не были убраны, сильный ветер сломал мачты и вместе со спутанным такелажем выбросил за борт. Ветер и течение сбили корабль с курса и вынесли его на рифы Сайпана. Из 400 человек, находившихся на борту галеона, спаслось всего лишь несколько десятков. Некоторая часть груза была спасена и извлечена из прибрежных вод островитянами.
В 1684 г. поисковая экспедиция испанцев обнаружила и подняла 35 из 36 пушек и 7 якорей из 8. Оставшиеся грузы галеона разбросало по подножиям рифов или вынесло на большие глубины.
Поисковый корабль «Тенгар» подошел к Сайпану в марте 1987 г. и бросил якорь в ста метрах от его юго-западного берега.
В течение двух лет велись работы на месте гибели галеона, во время которых было обследовано все южное и юго-западное прибрежное дно острова Сайпан на глубине от одного до ста двадцати метров.
Первые три недели погружений принесли исследователям лишь керамические черепки и разбросанные в разных местах на большом расстоянии друг от друга скопления балластных камней, да и те в небольшом количестве. Около 350 лет тайфуны разрушали остатки затонувшего корабля, но аквалангисты, набравшись терпения, почти шестым чувством угадывали, где покоились перевозимые галеоном предметы. Угроза тайфунов препятствовала проведению работ с июля по декабрь, но уже в течение первых шести месяцев было обнаружено практически все, что осталось от галеона.
Команда исследователей была специально подобрана и состояла из 30 человек семи национальностей — китайцев, малайцев, сингапурцев, филиппинцев, австрийцев, англичан и американцев. За время поисков остатков галеона команда совершила более 10 тыс погружений — при этом без единой серьезной неудачи.