Путешествия галеонов не обходились без их гибели. И ключи ко многим загадкам колониального прошлого Филиппин и причинам упадка морской державы хранятся на дне вблизи тихоокеанских островов. Ни один из галеонов не уцелел и не был еще поднят со дна для изучения и восстановления в первоначальном виде. По мнению сотрудников Национального музея страны, много галеонов нашли конец в коварных проливах центральных Филиппин и более 40 — на пути следования, у других островов. Из них, например, галеон «Пилар», пошедший ко дну близ берегов Филиппин в 1750 г. с двумя миллионами песо в звонкой монете. В 1802 г. погиб галеон «Ферролена» с грузом золота и серебра…
Недавние находки остатков манильских галеонов и их грузов, одного в бухте Кармен, что на севере филиппинского острова Таблас, другого у острова Бинтан в 60 милях от Сингапура, доказывают: то, что сейчас лежит под водой в этих местах, не утеряно для истории.
Первой поисково-исследовательской группой, приступившей к поиску мест гибели галеонов, стала компания «Тихоокеанские морские ресурсы». Началу работ в море предшествовала двухгодичная предварительная работа в архивах Севильи, Рима, Гуама, Мехико, США и Манилы. Архивистами были просмотрены тысячи страниц донесений, отчетов, записок и воспоминаний, судовых деклараций и т. д. Старинные документы позволили обратить внимание поисковиков на гибель галеона «Нуэстра сеньора де ля Консепсьон», на то время самого большого испанского корабля с грузом на 4 млн песо или в десятки миллионов долларов на сегодняшний день.
Галеон «Нуэстра сеньора..» потерпел крушение 20 сентября 1638 г., направляясь из Манилы в Акапулько с грузом восточных шелков, фарфора, изделий из слоновой кости и драгоценностями, среди которых были блюдо и набор кувшинов из чистого золота, подаренные испанским королем японскому императору.
Трагедия произошла у южного берега острова Сайпан, второго по величине среди Марианских островов, через месяц после отплытия из Манилы. Поскольку благосостояние всей колонии часто зависело от успешного плавания корабля, снаряжаемого всего лишь раз в году, то соблазн перегрузить его был непреодолим. Взяточничество и погрузка контрабандного груза существовали бок о бок с ужесточавшимися правилами перевозок. Товары были искусно спрессованы и упакованы китайцами, а затем втиснуты на предназначенные места. Даже многотонные пушки убирались в трюмы, чтобы освободить больше места для товаров на палубах, делая тем самым корабль беззащитным при нападении.
Сотни кувшинов с пресной водой хранились как под палубой, так и дополнительно висели над головами моряков и пассажиров, плотно привязанные к такелажу, сделанному из манильской пеньки. Галеон «Нуэстра сеньора»» не являлся исключением и был наполнен грузами до краев. Путешествие и гибель галеона стали известны из судебного дела между торговцами Манилы, включая коррумпированного губернатора Коркуэра, и представителями мексиканской таможни.