Могущественные Вооруженные Силы великой страны в одночасье превратились в так называемые Объединенные Вооруженные силы стран СНГ. Уникальный за всю историю человечества случай: многомиллионная современная армия, насчитывающая в своем составе десятки и сотни стратегических, оперативно-стратегических, оперативно-тактических объединений и соединений, десятки тысяч танков, самолетов различного назначения, ядерных боеприпасов и средств их доставки на любую дальность, сотни боевых кораблей различных классов и типов, многие и многие тысячи других современных видов оружия и военной техники оказались вне государственной принадлежности. Попытки убедить руководство ОВС СНГ взять все бывшие ВС СССР под юрисдикцию России (с последующим цивилизованным их разделом для других вновь образовавшихся государств на территории бывшего СССР) натыкались на единственный аргумент: ОВС СНГ — единственная структура, которая создает видимость правомочности существования Содружества Независимых Государств. В противном случае Б.Н. Ельцин опасался (!?) войти в историю как разрушитель СССР.
В этих условиях начался самопроизвольный захват независимыми республиками находящихся на их территории объединений, соединений, частей, вооружения и военной техники. Первой подала пример Украина. Уже 1 января 1992 года президент Л. Кравчук самостоятельно взял под юрисдикцию Украины находящиеся на ее территории войска Киевского, Прикарпатского и Одесского военных округов, все расположенные там стратегические объекты и средства, включая органы, силы и средства военной разведки, в том числе центрального подчинения. В результате целостность структуры военной разведки, управление ее разведывательными органами, в том числе находящимися далеко за пределами Украины, были нарушены. «Пример» по захвату войск оказался заразительным и для других республик СНГ.
Ситуация усугублялась тем, что в связи с решением руководства России сократить численность центрального аппарата военного ведомства на одну треть соответствующее сокращение коснулось и Главного управления военной разведки.
Руководство Главного Управления во главе с Е.Л. Тимохиным вводило корректировку в задачи военной разведки с учетом новых факторов угрозы безопасности новой России и изменений на политическом пространстве бывшего СССР. Устранение негативных и разрушительных для военной разведки последствий тех смутных лет пришлось на долю последующих руководителей Главного управления.
Администрация президента России вновь перетасовала кадры в министерствах и комитетах. Пришла очередь и военного ведомства. Созданный в июне 1992 года Совет безопасности во главе с Ю.М. Скоковым начал решение кадровых вопросов в Вооруженных силах.
В состав Совета при решении кадровых вопросов входили помимо самого Ю. Скокова Д. Волкогонов — советник президента России по военным вопросам, В. Степашин или A. Пальгунов — соответственно председатель и его заместитель Комитета Совета народных депутатов по вопросам обороны и безопасности, П. Грачев — министр обороны России, B. Дубынин — начальник Генерального штаба, Б. Бункин — академик, генеральный конструктор систем ПВО. Кандидатов на должности определяло руководство Министерства обороны и Генерального штаба, и Евгений Леонидович знал, что его фамилии в их числе не будет.
Изменения не заставили себя долго ждать. В августе 1992 года генерал-полковник Е.Л. Тимохин вернулся в войска ПВО, на должность командующего радиотехническими войсками ВПВО.
Евгений Леонидович Тимохин награжден орденами Красной Звезды, «За службу Родине в ВС СССР» 2-й и 3-й степени, медалями.
Евгений Леонидович скончался в 2005 году.
ФЕДОР ИВАНОВИЧ ЛАДЫГИН