Нужно сказать о том, что скупые строки о продвижении по службе не могут отразить «лихолетья» конца 80-х годов. Это была уже не перестройка, а перекройка многих постулатов и уклада жизни страны, затрагивавшая деятельность военной разведки, требующая высокого напряжения сил всех офицеров от низшего до высшего звена. Переговоры с Западом по ограничениям вооружений, грядущий роспуск Организации Варшавского договора, вывод советских войск из восточноевропейских стран, уход из Афганистана — эти знаковые вехи истории развала СССР означали для военной разведки необходимость срочного пересмотра концептуальных подходов и положений к оценке вопросов безопасности страны и будущего строительства Вооруженных сил. Федор Иванович начал работу над переориентировкой информационных задач, но в это время его отозвали в Генеральный штаб и в апреле 1990 года назначили начальником Договорно-правового управления Генерального штаба Вооруженных Сил. Тогда еще никто не знал и не мог предположить будущей служебной карьеры молодого генерала, и его часто показывали по телевидению в репортажах о переговорах по военным вопросам с американцами, европейцами или в составе различных делегаций. Ф.И. Ладыгин непосредственно участвовал в подготовке советско-американского Договора СНВ-1, Договора по обычным вооруженным силам в Европе, двухстороннего (с США) соглашения и многосторонней Конвенции по химическому оружию, Договора по открытому небу, Венского документа по мерам доверия в Европе, ряда других соглашений в области ограничения и контроля над вооружениями. Участник Парижского (1990) и Хельсинкского (1992) совещаний по безопасности и сотрудничеству в Европе.
Представитель российской военной элиты, генерал-полковник Ладыгин, в отличие от многих своих коллег, обладает такими качествами, как скромность и отсутствие чванства и высокомерия. В связи с этим хочется упомянуть довольно курьезный случай: весной 1997 года во время проводившейся ГАИ кампании по борьбе с незаконным использованием спецсигналов был остановлен автомобиль, в котором ехал Ладыгин. Он был исключительно приветлив и искренне удивился, узнав, что на его служебной «Волге» инспектор обнаружил что-то лишнее, пожурив по этому поводу своего водителя.
Это небольшое, но показательное отступление в повествовании о жизни будущего начальника военной разведки говорит лишь о том, что Федор Иванович — личность незаурядная, и его возвращение в «альма матер» в августе 1992 года стало логичным и единственно верным решением в тот период. За плечами был не только опыт работы в Главке, всестороннее знание изнутри всех структур и подразделений, но и солидный политический ресурс общегосударственного уровня.
Назначение на должность начальника ГРУ Ф.И. Ладыгин воспринял не только как высочайшее доверие, но и огромную ответственность, прежде всего за судьбу военной разведки, в те непростые годы резко меняющейся обстановки переходного периода становления нового государства, реформирования (а скорее — крушения) прежних и скороспелого создания новых надстроек, формирования новых Вооруженных сил страны на обломках могучей армии бывшей сверхдержавы, разгула (отчасти продолжающегося и поныне) воинствующих дилетантов — «всезнаек» военного дела.
Новый начальник ГРУ сделал ставку на профессионализм действующих военных разведчиков, тем более что большинство офицеров и генералов, особенно центрального аппарата ГРУ, ему были хорошо известны еще по первому периоду службы в Главке. Именно поэтому назначения и переназначения временно находившихся за штатом профессионалов на руководящие должности (соответственно, и всего личного состава) произошли быстро и без каких-либо осложнений. На каждом посту — только проверенные профессионалы военной разведки. Руководствуясь этим принципом, Федор Иванович при поддержке начальника Генштаба М. Колесникова пресек настойчивые попытки назначить на должность одного из первых заместителей начальника ГРУ (вместо трагически погибшего 30 ноября 1992 года генерал-полковника Ю. Гусева) пришельца извне. В результате на ответственный пост был оперативно назначен генерал-майор В. Корабельников. Позднее он и сменил Ф.И. Ладыгина на посту начальника ГРУ ГШ ВС России.
Сформированное наконец-то первое руководство ГРУ ГШ Вооруженных Сил России единодушно пришло к выводу: сосредоточиться на главном.