На основе законодательной базы проводилась планомерная целенаправленная кропотливая работа по «подгонке» всей оргштатной структуры ГРУ ГШ и отдельных его элементов, технического переоснащения, социальной сферы, к потребностям в качественно новых условиях. А уж хроническое недофинансирование, многомесячные задержки финансовых поступлений — архисложная задача. Как вспоминает сам Федор Иванович, «…особенно тяжело было осознавать свое бессилие в вопросах несвоевременной оплаты очень нелегкого и очень нужного стране труда военнослужащих и гражданского персонала. Государство не может вовремя выплатить и без того мизерную зарплату своим защитникам! Такого не было даже во время Великой Отечественной войны. Полковник не имеет средств, чтобы поехать на малую родину проводить в последний путь своего отца! ГРУ пришлось выскрести последние рубли из кассы, чтобы отправить одного (!) офицера похоронить отца! Генерал-лейтенант (один из “жиреющих”, по выражению бывшего в то время Верховного Главнокомандующего) не ходит в столовую на обед, потому что жена еще не получила пенсию». Что же делать? И тогда начальник ГРУ берет на себя ответственность и разрешает офицерам подрабатывать временно «на стороне», даже в рабочие дни, но с сохранением дееспособности каждого подразделения. В этих условиях Федор Иванович, как руководитель ГРУ, стремился уделить побольше внимания ветеранам военной разведки, считая, что им крайне тяжело и в финансовом отношении, и особенно в моральном плане, — ведь тогда казалось, что может быть разрушено все, чему они посвятили свою жизнь, чему отдали всех себя без остатка.
Уже к концу 1995 года военная разведка была восстановлена как единая, целостная система. И сегодня Ф.И. Ладыгин по-прежнему считает, что в этом — заслуга прежде всего воина-разведчика, начиная от самых низовых звеньев до их руководителей. Честь им и слава, моральная и иная поддержка: продвижение по службе, представление к присвоению воинских званий и государственным наградам.
Очерк о Ф.И. Ладыгине не будет полным, если не сказать о первой войне в Чечне. Для разведки это — не просто театр военных действий. Граница безопасности Отечества прорвана, она размыта, огонь полыхает в собственном доме. Да, военная разведка, получившая задачу освещения положения противника, добывает сведения о политической, экономической, военной помощи вооруженным формированиям Дудаева: дает целеуказания спецназу, авиации, войскам. Но это только эпизод, небольшая территория внутри страны. А что произошло в действительности? Двенадцать тысяч километров сухопутных границ Советского Союза после «парада суверенитетов» превратились в шестьдесят шесть тысяч километров границ с некогда братскими республиками, а теперь независимыми государствами. Безопасность страны, оцениваемая через призму границ сопредельных соседей, ныне должна иметь двойную степень защиты. Через порушенные границы хлынул поток наркотиков, на юге подняли знамя ислама талибы и двинулись в глубь азиатских республик, которые не могут оставаться вне сферы внимания военной разведки из-за безопасности всей страны. Наконец, Россия одной из первых почувствовала опасность зарождавшегося фанатичного терроризма, вышедшего на международную арену и ставшего основным злом начала XXI века.
Для самого ГРУ период, когда его возглавлял Ф.И. Ладыгин, стал довольно успешным, насколько это было возможно в условиях развала государства и кризиса армии, о чем можно судить хотя бы по высказываниям руководителей Министерства обороны и Генштаба. За это время не случалось серьезных провалов среди агентуры военной разведки за рубежом, а количество перебежчиков не увеличилось. Во многом благодаря именно Федору Ивановичу ГРУ сумело избежать назойливых попыток его «реформировать» и сократить. А авторитет военной разведки в глазах военного и политического руководства, да и в общественном мнении, заметно возрос. Доклады ГРУ, в первую очередь по «горячим точкам», как стали сообщать даже в открытой прессе, отличались оперативностью и достоверностью.
Интересно, что, несмотря на возникшую моду на рассекречивание всего и вся в угоду интересам публики, ГРУ осталось последней в России силовой структурой, не пошедшей на уступки рынку и оставшейся по-прежнему закрытой для газет и телевидения. Ф.И. Ладыгин в своем интервью четко высказался по этому поводу: «В нормальном демократическом обществе, куда, я надеюсь, движемся, должна быть открытость. Но в определенных рамках. В любом государстве чрезмерная открытость спецслужб недопустима, она может только навредить… Нельзя ставить под угрозу безопасность деятельности российской военной разведки, ее сотрудников и источников в угоду сиюминутному пропагандистскому эффекту или удовлетворению чьего-то любопытства».