Ракеты второго залпа шли по низкой траектории и потому обогнали снаряды, запущенные первыми. Таким образом американские военные предполагали ввести в заблуждение российских офицеров противовоздушной обороны. Цели с низкой баллистической траекторией менее заметны для наземных средств локации, в связи с чем американцы рассчитывали, что русские отвлекут на них излишнее внимание и израсходуют больше, чем следовало бы, поражающих средств. При таких условиях была высока вероятность того, что у обороняющихся просто не хватит времени на нейтрализацию боевых блоков. Эта уловка была оправдана хотя бы потому, что в те же минуты подвергались массированному налёту крылатых ракет и беспилотных бомбардировщиков береговые и приграничные районы российской территории.
Целями атомных ударов в районе дислокации двадцать девятой дивизии стали как места постоянного расположения подразделений, так и позиционные районы, чьи координаты были получены в результате космической и авиационной разведки и подтверждены данными агентуры. Наносились удары и по местам, где предположительно в этот момент находились дежурные дивизионы грунтовых мобильных комплексов «Тополь-М» и колонны ракетчиков, движущиеся к стартовым площадкам по тревоге.
Из сорока боевых блоков большая часть была выведена из строя средствами противоракетной обороны. Несколько снарядов сильно отклонились: один даже взорвался над территорией Монголии. Ещё часть отклонилась незначительно, тем не менее они сработали над населёнными районами. Остальные блоки с ядерными зарядами долетели до заданных квадратов.
Два трёхсоткилотонных термоядерных заряда полностью уничтожили наземные объекты 92-й полка РВСН возле Хомутово, оснащённый «Ярсами», но мобильные комплексы успели выйти на позиции и отстреляться. Над расположениями воинских частей 52933 (344-й полк) и 52009 (586-й полк) сработало несколько зарядов на высотах от полукилометра до четырёх тысяч метров, что повлекло уничтожение всех военных объектов на поверхности, а также сильнейшие разрушения и пожары в окрестностях. Один дивизион ракетчиков был уничтожен на марше полностью, три дивизиона понесли потери и часть комплексов вышла из строя.