Не все понимали, что такое незаметная скрепка, прикрепленная к папке. Первая серьезная неудача произошла всего через несколько месяцев, 17 июля 1946 года. Генерал Джозеф Макнарни (Joseph McNarney) написал в JIOA письмо, в котором сообщал, что вместе с полковником Вентвортом ему удалось найти 869 немецких ученых, готовых подписать контракты "скрепки". Однако возникло препятствие. "Среди тех, кто фигурирует в списке, есть большое количество бывших нацистов и обязательных безработных", - писал генерал Макнарни. " Эти люди не могут ни сейчас , ни впоследствии быть трудоустроены в американской зоне Германии, кроме как в качестве рабочей силы". Макнарни следовал правилам USFET, согласно которым все члены СС и СА должны были пройти обязательный процесс денацификации.
Ссылаясь на "национальные интересы" Америки, JIOA теперь изменит формулировку основного принципа, которым руководствовался первоначальный устав Paperclip. "Никаких известных или предполагаемых военных преступников" и "никаких действующих нацистов" превратятся в "никаких лиц, которые могут пытаться "планировать возрождение германского военного потенциала". Помощник военного министра Говард Петерсен счел, что эта новая формулировка позволит JIOA "обойти визовых людей", как говорилось в служебной записке от 24 июля 1946 года. Но это было временное явление. В конце концов, чиновники Госдепартамента, такие как Самуэль Клаус, возмутились бы этой формулировкой. Что действительно было необходимо JIOA, так это одобрение со стороны президента Трумэна.
К лету 1946 г. отношения между США и Советским Союзом испортились. Легендарная "длинная телеграмма" , написанная американским дипломатом в Москве Джорджем Ф. Кинаном, была получена в Госдепартаменте, рассмотрена президентом и его советниками и разослана во все посольства США по всему миру. Проанализировав "невротический взгляд на мировые дела", Кинэн предупредил своих начальников в Госдепартаменте, что "в долгосрочной перспективе не может быть постоянного мирного сосуществования" с Советским Союзом. По мнению Кинэна, эти две страны обречены на то, чтобы стать непримиримыми врагами.
Под влиянием мнений Кинана президент Трумэн попросил советника Белого дома Кларка Клиффорда подготовить исследование текущего состояния и перспектив советско-американских отношений с военной точки зрения. Для этого Клиффорд собрал отчеты и брифинги военных, государственных и военно-морских секретарей, а также генерального прокурора, Объединенного комитета начальников штабов, различных директоров военной и гражданской разведки и Джорджа Кинана. В результате был подготовлен тревожный анализ под грифом "Совершенно секретно". Выводы доклада были четко сформулированы во введении: "Советские руководители считают, что конфликт между СССР и капиталистическими государствами неизбежен, и их долг - подготовить Советский Союз к этому конфликту". Клиффорд предупреждал, что советские лидеры идут по пути, "который должен привести в конечном итоге к мировому господству". Русские разрабатывали атомное оружие, управляемые ракеты, стратегические военно-воздушные силы, программы биологического и химического оружия. Идея "мирного сосуществования коммунистических и капиталистических стран невозможна", - писал Клиффорд. Единственный способ противостоять этой угрозе - использовать "язык военной силы". Не военной силы, а военной угрозы.
30 августа 1946 г. заместитель секретаря Государственного департамента Дин Ачесон обратился к президенту Трумэну с просьбой принять решение по Paperclip. Если президент не предпримет быстрых действий, писал Ачесон, многие немецкие ученые "могут быть потеряны для нас". После четырехдневного обсуждения Трумэн официально одобрил программу и согласился с тем, что операция Paperclip должна быть расширена и включать тысячу немецких ученых и техников, а также предусматривать их возможную иммиграцию в США. Получив официальное одобрение президента , генеральный прокурор смог ускорить внесение предложенных изменений в программу. Был составлен новый контракт JIOA, позволявший ученым, находившимся в США в течение шести месяцев, подписать контракт еще на один год, причем правительство сохраняло за собой право продлить его еще на пять лет. Операция "Скрепка" превращалась из временной программы в долгосрочную. Бывшие враги государства теперь могли получить желанное американское гражданство.