На просьбу полковника Форда, вероятно, повлияла информация, полученная JIOA недавно из офиса военного правительства в Германии. После нескольких месяцев негативного внимания прессы к операции Paperclip, возглавляемой Федерацией американских ученых и получившей дополнительный импульс после того, как Американский еврейский конгресс назвал Axsters из Форт-Блисса "настоящими нацистами", Военное министерство обратилось к OMGUS с просьбой провести внутреннюю проверку ученых, работающих в США в рамках операции Paperclip. Именно OMGUS в Германии курировал отчеты по всем немецким ученым, выпущенные армейской разведкой G-2. Военное министерство заявило OMGUS, что не хочет иметь дело с другими разоблачениями.
В ответ на это ОМГУС направил в военное министерство 146 отчетов по безопасности, раскрытие информации в которых могло привести к скандалу. Один из отчетов касался инженера-ракетчика Курта Дебуса. Дебус был ярым нацистом. Он был активным членом СС и, по свидетельству коллег, носил нацистскую форму на работе . Наибольшее беспокойство вызвало то, что в отчете по безопасности ОМГУС было указано, что во время войны он сдал в гестапо своего коллегу, начальника инженерного отдела Ричарда Креймера (Richard Craemer), за антинацистские высказывания и отказ отдать Дебусу нацистский салют. Из документов нацистской эпохи следовало, что Дебус был инициатором расследования в отношении Крэмера. Никто другой не слышал разговора между двумя учеными; Дебус пришел домой после работы и взял на себя труд составить отчет о якобы имевшем место разговоре, который он затем представил в СС в виде стенограммы . Специфика этого инцидента не позволила европейскому отделу разведки армии США представить Курта Дебуса аполитичным ученым, пытающимся выжить в фашистском мире. Дебус сделал все возможное, чтобы его коллега был арестован гестапо. Впоследствии Креймер был привлечен к уголовной ответственности за государственную измену. Согласно отчету и в результате действий Дебуса, 30 ноября 1942 года "Креймер был вызван в штаб гестапо и ознакомлен с этими уликами". Офицер армейской разведки, занимавшийся этим делом, капитан Ф.К. Гровс, объяснил, что произошло дальше. 5 апреля 1942 г. "он [Креймер] был доставлен в "зондергерихт" [специальный нацистский суд] и приговорен к 2 годам тюремного заключения". Пространное резюме и анализ этого инцидента, подготовленные Гровсом, были направлены в Объединенный комитет начальников штабов. "Преднамеренный и злобный донос Дебуса на Креймера" не мог быть опровергнут армейской разведкой, писал Гровс. В Германии это стало достоянием общественности.
В отчете OMGUS фон Браун оказался на столь же шатком основании, и армейская разведка предупредила, что, учитывая его международную известность, обращение в Госдепартамент с просьбой о выдаче визы фон Брауну может вызвать проблемы. Из доклада следовало, что фон Браун не только был офицером СС в высоком звании штурмбаннфюрера СС, или майора СС, но его членство в организации спонсировал Генрих Гиммлер . В ответ на это директор JIOA полковник Форд предложил действия, противоположные тем, которые ему рекомендовали. Форд считал, что наилучшим решением будет ускорить процесс получения гражданства этими нежелательными лицами. Если Клаус подпишет отказ, то JIOA сможет ускорить этот процесс.
Поскольку Клаус отказался подписывать документы, ситуация переросла в противостояние. Клаус покинул совещание и занялся самостоятельным расследованием. В последующие месяцы он узнал о том, что произошло с Георгом Рикхи в Райт-Филд, - о том, что Рикхи был возвращен в Германию, чтобы предстать перед судом за предполагаемые военные преступления. Эта информация была намеренно скрыта от Государственного департамента. В служебной записке на имя заместителя госсекретаря Клаус защищал свое несогласие с "бычьими" требованиями JIOA подписать "слепой отказ". "То, что опасения министерства по поводу безопасности не были беспочвенными, было недавно продемонстрировано, когда среди этих ученых был обнаружен военный преступник, разыскиваемый за военные преступления зверского характера, который должен быть возвращен в Германию". Клаус был полон решимости стоять на своем, впрочем, как и JIOA. Трудность для Клауса заключалась в том, что он был в меньшинстве.
В том же месяце, когда началось противостояние между Госдепартаментом и JIOA, Химический корпус наконец-то получил своего первого немецкого ученого - специалиста по синтезу нервно-паралитического вещества табун доктора Фридриха "Фрица" Хоффмана. Армия США была заинтересована в накоплении запасов табуна с тех пор, как в мае 1945 года получила первый образец из "Логова разбойников", расположенного в британской зоне Германии. Ответственным за программу создания нервно-паралитического вещества табун в химическом корпусе был полковник Чарльз Э. Лоукс, командир армейского химического центра в Эджвудском арсенале (штат Мэриленд).