На всей территории бывшего рейха SHAEF создал центры интернирования, в которых более полутора сотен ученых содержались отдельно от других немецких военнопленных. В Гармиш-Партенкирхене, в Баварских Альпах, находилось около 500 ученых, включая группу фон Брауна и Дорнбергера; в Хайденхайме, к северу от Мюнхена, содержалось 444 человека, представляющих интерес; 200 - в Целль-ам-Зее, в Австрии; 30 - в Шато-дю-Гранд-Чесне, во Франции. В ВМС США в изоляторе в Кохеле (Германия) находилось 200 ученых и инженеров, в том числе много специалистов по аэродинамическим трубам. В Бад-Киссингене (Германия) находились 150 инженеров и техников Люфтваффе, большинство из которых были собраны полковником Дональдом Путтом. В Версале находились 50 ученых CIOS, включая Вернера Осенберга. Однако четкой политики в отношении дальнейшей судьбы ученых, инженеров и техников, находящихся в плену у союзников, не существовало, и генерал Эйзенхауэр обратился за разъяснениями по этому вопросу на сайт . Из Верховного штаба экспедиционных сил союзников во Франции он направил телеграмму в Генеральный штаб военного министерства в Вашингтоне с просьбой дать конкретные указания относительно долгосрочных целей. "Сдерживание и контроль будущих немецких научных и технических исследований четко обозначены, - писал генерал Эйзенхауэр, - но этот штаб не имеет указаний по данному вопросу и не в состоянии сформулировать долгосрочную политику". Собирались ли эти люди быть задержанными на неопределенный срок? Допросить и отпустить?
В ответ на телеграмму Эйзенхауэра военное министерство сообщило ему, что его запрос рассматривается как "вопрос срочности". Предварительно ответственность была возложена на отдел по работе с пленными сотрудниками и материальными средствами Службы военной разведки в Европе. Теперь эта группа отвечала за удовлетворение основных потребностей ученых, включая обеспечение жильем, питанием, а в некоторых случаях и зарплатой. Но пройдет еще две недели, прежде чем военное министерство сообщит генералу Эйзенхауэру о своей политике. Тем временем в Америке и в Германии разворачивался ряд событий, которые должны были повлиять на принятие решений Генеральным штабом военного министерства.
В отсутствие политики в Пентагоне стали появляться идеи. Некоторые, например генерал-майор Кеннет Б. Вулф из ВВС сухопутных войск, взяли дело в свои руки. Генерал Вулф был начальником инженерно-технического отдела и отдела закупок Командования воздушно-технической службы в Райт-Филд, и он поддержал генерал-майора Кнерра и полковника Путта в их стремлении захватить трофеи Люфтваффе, обнаруженные в Фёлькенроде. Но генерал Вулф представлял себе еще более масштабную программу использования научных достижений и считал, что политика должна быть определена уже сейчас. Вульф вылетел в штаб-квартиру SHAEF во Франции, чтобы встретиться с заместителем Эйзенхауэра генералом Люциусом Д. Клеем и рассказать о своей идее.
Генерал Клей сказал генералу Вулфу, что он не против такой программы, но сейчас вряд ли подходящее время для ее обсуждения. " Осажденный бесчисленными требованиями и хаотическими условиями, связанными с окончанием войны, а также обременительными сложностями планирования мира, [Клей] считал такие усилия на шесть месяцев преждевременными", - поясняет историк Кларенс Ласби. Генерал Клей сказал генералу Вульфу вернуться и поговорить с ним через шесть месяцев. Вместо этого Вулф отправился в Нордхаузен (Германия), где его коллега из Пентагона, полковник Жерве Уильям Тришель, руководил специальным заданием V-2 - сверхсекретной операцией по научной разведке для ракетного отделения армии США (Ordnance, Rocket Branch).
На заброшенном заводе по производству ракет в комплексе подземных тоннелей в Нордхаузене как раз начиналась "Специальная миссия V-2". Когда генерал Вулф увидел огромное количество оставленного V-образного оружия, он еще больше убедился в том, что американская программа по использованию нацистской науки должна быть реализована немедленно. По возвращении в Вашингтон генерал Вульф обратился к генералу Клею с новой идеей. По словам Вольфа, необходимо не только немедленно предпринять действия по захвату нацистского вооружения, но и нанять "немецких ученых и инженеров", создавших это оружие, и отправить их на работу в Америку. "Если предпринять шаги в этом направлении, то можно достичь двойной цели - предотвратить возрождение Германии как военной державы и продвинуть наше собственное промышленное будущее". Клей ничего не ответил: на сайте он уже попросил генерала Вульфа отложить свои действия на полгода. Тем временем работы, которые велись в Нордхаузене под эгидой Специальной миссии V-2, должны были в значительной степени повлиять на будущее всех последующих нацистских научных программ.